О работе военных контрразведчиков в «первую Чечню» сообщают скупые строчки оперативных отчетов: ими было выявлено порядка ста укрытий боевиков, обнаружены в горных районах три базы — склады оружия, боеприпасов и продовольствия для ведения «партизанской войны». Были добыты сведения о местах расположения засад, минирования коммуникаций, маршрутов передвижения войск — и это позволило не только избежать потерь, но и нанести боевикам неожиданные чувствительные удары. При участии сотрудников военной контрразведки предотвращено уничтожение двадцати объектов, взрыв которых привел бы к большим человеческим жертвам и тяжким экологическим последствиям.
Военные контрразведчики, как некогда сотрудники «Смерш», осуществляли фильтрационные мероприятия среди задержанных лиц и беженцев, получали сведения о наемниках, действующих на стороне боевиков, предотвращали дезертирство и возможные переходы военнослужащих на сторону бандформирований, передачу им оружия и боеприпасов. Благодаря их усилиям были получены важные документы чеченских спецслужб, материалы архивов Джохара Дудаева и его близкого окружения. Их изучение способствовало внесению корректив в проводимые оперативно-разыскные мероприятия как в Чечне, так и на территории других регионов России.
Только в 1995 году за мужество и героизм 412 военных контрразведчиков были награждены орденами и медалями.
После нападения боевиков на Дагестан в августе 1999 года на территории Чеченской Республики началась контртеррористическая операция, для контрразведывательного обеспечения которой при Объединенной группировке войск (сил) на Северном Кавказе была создана Временная оперативная группа Управления военной контрразведки ФСБ России в Северо-Кавказском регионе. Силами этого специального формирования только до конца 2001 года было выявлено 57 баз боевиков, шесть укрепрайонов, 65 блиндажей, около 60 укрытий и 230 схронов и тайников с оружием. Военными контрразведчиками были добыты данные о каналах переправки через государственную границу наемников и финансовых средств, маршрутах выхода из Чечни раненых боевиков для лечения и легализации за рубежом.
«По информации Временной оперативной группы военным командованием были спланированы и проведены спецоперации, в ходе которых уничтожены полевой командир Ш. Я. Баталов, а также Абу-Умар, входивший в ближайшее окружение эмира Хаттаба. По информации военных контрразведчиков, в населенном пункте Дарго был задержан полевой командир М. К. Мунцигов, в Чири-Юрте захвачен главарь одного из бандформирований Ш. Ш. Дадаев, задержаны финансист Аслана Масхадова А. Гаибов и полевой командир X. Хатуев. Военные контрразведчики принимали непосредственное участие в планировании и осуществлении операции по нейтрализации бандитского главаря А. Бараева, выявив более тридцати человек из его окружения.
Проводились мероприятия по дезинформированию бандглаварей. В результате такой работы были уничтожены основные силы бандформирований, пытавшиеся прорваться из Грозного в феврале 2000 года»[342].
Одним из направлений работы военных контрразведчиков в Чечне было освобождение из плена российских военнослужащих. Так, совместными усилиями военных контрразведчиков, членов Комиссии при Президенте Российской Федерации по военнопленным, интернированным и пропавшим без вести, сотрудников территориальных органов и военного командования только в 2000 году было освобождено 78 военнослужащих и 22 гражданских лица.
В обеих чеченских кампаниях активно действовала агентура спецслужб самопровозглашенной Ичкерии, собиравшая информацию о действиях российских войск. В числе таких агентов оказался бывший прапорщик В. Ка-линкин, который в 1991 году дезертировал из части и переехал в Чечню, где был завербован департаментом госбезопасности Ичкерии. В 1993 году он был направлен в центр по подготовке террористов в одной из арабских стран, а по окончании учебы был «повязан кровью», участвуя в уничтожении жителей приграничного селения. Затем ему была присвоена кличка «Вахид» и дано задание устроиться на службу в одну из воинских частей СКВО.