Разъярённый Гонсевский приказал заточить патриарха в келье Чудова монастыря, приставив к нему постоянный караул под начальством офицера Малицкого. Вспомнили про грека Игнатия, бывшего патриархом при Димитрии и находившегося по «милости» Шуйского в келье по соседству. Дума решила временно вновь возложить на Игнатия сан патриарха.
Гонсевский отправил к королю боярина Ивана Безобразова со слёзным прошением поторопиться с военной помощью. Он писал:
«...неприятель знает о наших небольших запасах пищи, так как мы за грош жили рыночными продуктами, а в посадах, хотя запасов было и много, огнём всё было превращено в пепел; поэтому он хочет кругом обложить нас острожками и надеется только одним голодом, при других своих хитростях, вытеснить нас отсюда, что ему легко можно будет сделать и на что Ваше Королевское Величество, государь наш, извольте обратить внимание. Поэтому покорнейше просим Ваше Королевское Величество прислать нам подкрепление».
...Сигизмунд оставил слёзное прошение о помощи без ответа. Да и чем его королевское величество мог помочь, когда все имеющиеся в его власти войска вот уже почти два года без толку стояли у стен Смоленска? Свой гнев король сорвал на русских послах, которые по-прежнему категорически отказывались вести с Шеиным переговоры о сдаче города. Их вызвал к себе Лев Сапега и объявил монаршую волю: немедленно отправить их в Польшу, где содержать в крепости, как пленников. Неслыханное нарушение дипломатических правил о неприкосновенности послов вызвало возмущение Филарета и Голицына, но никак не страх, на что рассчитывал Сигизмунд.
— Смоленск присягнёт Владиславу, только если король выведет свои войска из пределов России! — таков был их ответ.
Наутро жолнеры, безжалостно умертвив на берегу Днепра посольских слуг на глазах у их господ, усадили на барку, сковав цепями, Филарета и Голицына и отправили их по реке в Оршу, а оттуда — в Краков.
Тем временем в рядах доблестных защитников Смоленска нашёлся предатель. Сын боярский Андрей Дедевшин поведал Сигизмунду, что из-за отсутствия соли в городе началась страшная цинга. Из восьмидесяти тысяч жителей в живых осталось лишь восемь тысяч. Он же указал на самое уязвимое место в стенах крепости — это был сток для нечистот, обращённый к реке.
За час до рассвета 3 июня польские полки пошли на штурм сразу с четырёх сторон. Тем не менее защитники, а это были практически все жители города, яростно сопротивлялись. В этот момент раздался страшный взрыв — один из польских офицеров сумел пробраться к стоку незамеченным и заложить петарду. Смоляне, не ожидавшие нападения в этом месте, кинулись к пролому, и нескольким жолнерам удалось уже открыть ворота, куда хлынули польские всадники. Число защитников редело с каждой минутой. Женщины, старики и дети бросились в собор, где хранились ценности жителей города. Тем временем от непрестанной пальбы загорелись дома. Часть из них поджигали сами смоляне, чтобы ничего не досталось врагу.
Снова раздался оглушительный взрыв — от пламени поднялся на воздух пороховой склад у дома архиерея. Запылал и собор. Окружившие его поляки кричали, чтоб засевшие в нём люди выходили и что они никого не тронут. Однако напрасно: из собора лишь слышалось хоровое пение, потонувшее в новом мощном взрыве: огонь пробрался в подземелье, где хранился порох. Осевшие стены собора похоронили сотни жизней.
Сам воевода Михаил Шеин с оставшейся горсткой людей не на жизнь, а на смерть бился, засев в одной из башен. С воеводой находился малолетний сын, и, когда сопротивление уже стало бессмысленным, Шеин, вняв его мольбе и отбросив саблю, первым вышел из башни.
По приказанию короля его пытали. Палачи требовали, чтобы Шеин оговорил Голицына, будто тот против королевской воли приказывал защитникам Смоленска не сдавать крепость. Это нужно было Сигизмунду, чтобы оправдать свою жестокость в отношении послов. Однако храбрый воин и здесь показал свою стойкость — он всё отрицал.
В оковах его отправили в Литву, где содержали в темнице. Сына Шеина Сигизмунд забрал себе, а Лев Сапега — жену и дочь.
Горестное известие о падении ключа-города потрясло русские сердца. Ополченцы ждали, что теперь Сигизмунд направится со своим войском сюда, к Москве. Но упоенный долгожданной победой король направился в Краков. Он желал вкусить славу триумфатора в полной мере.
Лев Сапега в сердцах написал своему приятелю: «Всё испорчено не чем иным, как только плохими советами и упрямством, и теперь трудно уже поправить». Действительно, взяв Смоленск, Сигизмунд потерял Россию...
...А в это время двоюродный брат Льва Ивановича Ян Пётр Сапега встал лагерем чуть поодаль Москвы, на Поклонной горе. Он выжидал. «Славному рыцарю» вдруг возмечталось: а не предложит ли Ляпунов и другие вожди ополчения корону русского царя ему? Холя эту надежду, гетман охотно вёл переговоры с русскими послами, распинаясь о своей любви к православию, и упорно не желал иметь дела с Гонсевским. Тот, зная о согласии гетмана, данном им в Смоленске, перейти на королевскую службу, был до крайности озадачен.
