Узнав о том, что враг прорвался в город, фиванские стратеги стали уводить гоплитов за крепостные стены. Организованное отступление закончилось, когда греческих всадников охватила паника и они толпой устремились в ворота, растоптав по пути собственных пехотинцев. Множество кавалеристов упало в ров, другие погибли в узком проходе городских ворот, остальные устремились к агоре. В этот момент Филота, командующий македонским гарнизоном в Кадмее, решил воспользоваться благоприятной ситуацией и повел своих воинов на вылазку. В городе началась паника. Отступающие гоплиты не успели закрыть ворота, и следом за ними в Фивы ворвались солдаты Александра. Крепостные стены были захвачены быстро, поскольку все воины находились за линией укреплений. Македоняне прорвались к Кадмее, соединились с людьми Филоты и начали развивать наступление на храм Амфиона, около которого собрались главные силы фиванцев. Некоторое время гоплиты храбро сражались, но когда к храму прибыл Александр, организованное сопротивление рухнуло, защитники разбежались по улицам защищать свои дома. Что же касается фиванских всадников, то они вырвались из города на равнину и рассеялись по окрестностям. Несмотря на то что главные очаги сопротивления в Фивах были подавлены, уличные бои в городе продолжались до самого вечера. Одновременно шел поголовный грабеж и истребление мирного населения, особенно усердствовали в избиении соотечественников греческие союзники Александра. К ночи всё было закончено, семивратные Фивы пали перед мощью Македонии.
О сражении за Фивы сохранилось два подробных рассказа – Арриана и Диодора Сицилийского. Причем авторы иногда сообщают прямо противоположную информацию. В частности, это касается начала битвы. Согласно Арриану, она началась неожиданно для базилевса:
