Однако послеполётное исследование спускаемого аппарата показало, что корабль ещё надо значительно дорабатывать. Благодаря информации из «документов 2012», Сергей Павлович знал, куда смотреть и на что обратить внимание. Он отметил, что жгут проводов, соединявший спускаемый аппарат с приборным отсеком, был оборван в нештатном месте и сильно оплавлен, а анализ графика перегрузок показал, что на начальном этапе входа в атмосферу корабль неуправляемо вращался с большой скоростью. Покопавшись в документах в ИАЦ, Королёв нашёл подтверждения своим выводам.
1К «Север» использовал конструктивные решения как «Союза», от которого была взята форма и компоновка отсеков, так и «Востока». Его внутренние системы, информация по которым была крайне фрагментарной, создавали те же люди и с тем же опытом, что в «той» истории разрабатывали системы «Востока». Ничего другого они в этой ситуации придумать не могли. Исключением стала лишь система управления, в которую была интегрирована БЦВМ. Хотя и она была крайне упрощённой. Корабль ещё не мог совершать полноценные орбитальные манёвры, вроде смены орбиты. Он лишь мог поддерживать свою ориентацию и отработать сход с орбиты — необходимый минимум для успешного полёта.
После полёта Чайки и Лисички корабль долго и тщательно дорабатывали, проверяя технические решения в ходе запусков спутников-фоторазведчиков «Зенит» (АИ, см. гл. 04–18). Доработка и доводка систем заняла более года. Спутники фоторазведки запускали ежемесячно. Удачными были далеко не все запуски, но для отработки корабля аварийные пуски были даже более ценными, чем успешные — в них выявлялись недоработки и конструктивные недочёты. Завод № 88, собиравший корабли 1К «Север» и спутники «Зенит», выпускал их системы и корпуса уже в режиме серийного производства, что позволяло собирать из компонентов корабль любого назначения. Государственный авиазавод № 1 в Куйбышеве (с 16 декабря 1961 г — завод «Прогресс») точно так же серийно собирал ракеты-носители Р-7, баллистические межконтинентальные Р-9 и ГР-1, и гражданские носители «Союз-2.1» и «Союз-2.3», комбинируя ступени ГР-1 и Р-9.
В ходе этих запусков удалось доработать систему разделения отсеков перед входом в атмосферу. Запущенные в мае, июне и июле 1960 года «Зениты» уже разделялись штатно, без эксцессов, и их спускаемые аппараты входили в верхние слои атмосферы без вращения.
(В реальной истории разделение гагаринского «Востока» при входе в атмосферу было аварийным, и Юрия Алексеевича изрядно покрутило, пока не расплавились и не оборвались кабели. Проблемы с разделением были и в последующих полётах)
Второй важнейшей доработкой был воздушный клапан, через который уравнивалось давление с забортным. Из-за этого клапана погибли два собачьих «экипажа», а в «той» истории — ещё и экипаж Добровольского, Волкова и Пацаева. Зная об этом, Сергей Павлович настоял, чтобы клапан был расположен в пределах свободной досягаемости экипажа.
— Поставьте клапан так, — сказал он Ивановскому, — чтобы любому из космонавтов достаточно было поднять руку и заткнуть его. Это может спасти жизни всему экипажу.
(Ивановский Олег Генрихович был ведущим конструктором КК «Восток», в АИ — соответственно, ведущий конструктор корабля 1К «Север»)
— А разве для безопасности недостаточно скафандров? — удивился Ивановский.
— Кто его знает, что там, в космосе, может случиться, — неожиданно мягко ответил Королёв. — Скафандры, конечно, у ребят будут. Без скафандров никаких полётов. Но скафандр — это последняя линия обороны. А вдруг сам скафандр окажется повреждён? Скажем, вращением или толчком кого-то выбросило из кресла и приложило стеклом шлема о пульт? Или вдруг два из трёх космонавтов потеряют сознание? Проще одному человеку перекрыть единственный клапан, чем дотянуться сразу до двоих и закрыть им гермошлемы.
Клапан перенесли в доступное место, более того, систему уравнивания давления сделали «разрешительной». То есть, барореле не открывало клапан автоматически, а позволяло его открыть. Решение на открытие клапана принимал экипаж. Впоследствии систему проверок сделали многоступенчатой, клапан открывался после выхода основного парашюта и снижения скорости до расчётного значения 22 км/ч (скорость снижения спускаемого аппарата «Союза» на основном парашюте)
Точно так же тщательно доводили парашютную систему. Когда 10 апреля 1959 года в суборбитальном испытательном запуске порвался купол основного парашюта (АИ, см. гл. 04–04), Королёв устроил страшный «разгон». Мало того, что он сам проверил, насколько гладко и качественно отполированы стенки нового, увеличенного парашютного контейнера, он также приказал провести динамометрический тест. На крюк кран-балки подвесили динамометр, подцепили его крюком спускаемый аппарат за парашют и медленно потянули, измеряя усилие, при котором сложенный купол выходит из контейнера. Усилие сравнивали с расчётным усилием, развиваемым вытяжным парашютом.