Узнав способности Сперанского, император Александр назначил его товарищем министра юстиции и директором комиссии о составлении законов и приблизил его к своей особе (в 1808 году). Государь поручал ему обработку всех важнейших дел и планов по части высшего государственного управления, и передавал ему все поступавшие к нему проекты по этому предмету. В конце 1808 года Сперанский стал уже весьма близким к государю лицом. Государь император сам прилежно занимался делами, и проводил целые вечера со Сперанским в своем кабинете в чтении различных сочинений, относящихся к государственному устройству и управлению, и наконец поручил ему составление плана государственного образования по собственным своим идеям. План был составлен, и государь, рассмотрев его подробно, вознамерился привести его в действие по частям, чтоб не вдруг все ниспровергнуть, основываясь на одной теории. Из этого плана приведены в исполнение образование Государственного совета, устройство министерств и устав каждого из них с определением порядка их сношений между собою, и в следствие этого же плана учреждены два новые министерства: полиции и государственного контроля. Преобразование правительствующего сената и другие важные изменения в управлении остались неисполненными. В комиссии о составлении законов Сперанский составил две части гражданского уложения, и внес их в совет. Третья часть, заключавшая в себе коммерческий устав и уголовное право, требовала только отделки. В этом труде Сперанский не имел ни одного помощника, и все составил один, не обращая никакого внимания на представленные ему проекты Г. Розенкампфом и другими. По покорении Финляндии Сперанскому было поручено управление этого края и новое его устройство, и в то же время он был назначен канцлером Абоского университета (ныне Гельсингфорского), который навсегда будет помнить заслуги Сперанского, исходатайствовавшего от щедрот государя императора умножение его доходов и другие важные преимущества. В то же время Сперанскому дано поручение преобразовать все духовные училища в России, и устроить прочное их управление, что исполнено им с величайшей мудростью.
Но важнейший труд Сперанского — это изменение финансовой системы. В конце 1809 года ассигнации начали упадать в курсе, и в смете на 1810 год представлен был недостаток в 105 миллионов рублей. Войны истощили казну, а необходимость быть готовым к новой войне требовала скорой помощи. Положение финансов беспокоило государя императора. Все представленные государю планы заключались в умножении ассигнаций! Император Александр поручил наконец Сперанскому составить план к прикрытию издержек и восстановлению кредита. План Сперанского основывался на четырех началах. Он предложил: 1) Прекратить выпуск ассигнаций и для убеждения в этом народа, сделать эту меру гласной. 2) Уменьшить число ассигнаций учреждением капитала погасительного и прочного посредством увеличения налогов. 3) Учредить постоянные доходы для прикрытия государственных расходов, определить с точностью расходы, сократить и привести в порядок издержки. 4) Подвергнуть все сметы министерств контролю Государственного совета, а все издержки контролю государственному. План этот хотя был одобрен государем императором и Государственным советом, но не был исполнен во всех своих частях самими исполнителями. Однако ж, он принес величайшую пользу, и приносит ее до сих пор предварительным рассмотрением смет и последовательною поверкою издержек в государственном контроле, который был страшен при покойном бароне Бальтазаре Бальтазаровиче Кампенгаузене (государственном контролере), человеке с необыкновенным умом, деятельностью, беспристрастием и правдивостью.
Со вступления своего на поприще гражданской службы с 1797 по 1812 год, т. е. в течение пятнадцати лет, Сперанский достиг важного звания государственного секретаря, был тайным советником, александровским кавалером, и что всего драгоценнее, пользовался милостью и доверенностью государя императора. Но между тем, как он, по воле и по мыслям государя, работал неутомимо, под ним копали пропасть, в которую наконец он обрушился.