Поскольку сбор и обработка разведданных становились делом все более важным и сложным, НКО 16 февраля 1942 года, не выводя РУ из-под управления Генштаба, преобразовал его в Главное разведывательное управление, поставил перед ним задачу вести стратегическую, оперативную и войсковую разведку и существенно усилил его организационную структуру. Однако, поскольку эта реорганизация не повысила эффективности ГРУ, НКО 23 октября 1943 года вновь реорганизовал ГРУ, на этот раз изъяв его из ведомства Генштаба и подчинив своему прямому руководству. С этого момента НКО освободил ГРУ от всякой ответственности за
По новой организации ГРУ подразделялось на Первое управление, отвечавшее за агентурную работу за границей, и Второе управление, отвечавшее за агентурную работу на территории, временно оккупированной войсками противника. В то же время НКО перевел дешифровальный отдел Второго управления в ведение НКВД и преобразовал бывшее Главное управление военной цензуры ГРУ в отдельное и независимое управление в его структуре.
Поскольку эта реорганизация не привела к улучшению сбора и обработки разведданных до желаемой Ставкой степени, НКО 19 апреля 1943 года вновь реорганизовал центральные органы военной разведки страны, преобразовав УВР Генштаба в Разведывательное управление и возложив на него ответственность за «руководство войсковой и агентурной разведкой фронтов, регулярную информацию о действиях и намерениях врага и проведение дезинформации противника»{270}.
Таким образом, апрельская реорганизация возложила ответственность за ведение агентурной разведки и диверсионной деятельность на временно оккупированных противником территориях Советского Союза на РУ Генштаба и подчиненные РО во фронтах Красной Армии. В то же время она ликвидировала 2-е управление ГРУ Наркомата обороны, которое управляло агентурной работой на территориях СССР, временно оккупированных войсками противника, и передала агентурную сеть ГРУ в этих областях Разведуправлению Генштаба. После этого ГРУ стало отвечать только за ведение агентурной разведки за границей. Такая структура сбора и обработки разведданных просуществовала до конца войны{271}.
Точно так же, как ГлавПУ защищало Советский Союз от политической и идеологической подрывной деятельности внутри страны, органы военной контрразведки в тесном сотрудничестве с органами государственной безопасности, управляемыми НКВД, выполняли столь же важную задачу защиты государственной безопасности от подрывной деятельности врагов за границами Советского Союза. Когда началась война, ГКО выделил из НКО и НКВМФ (флота) все органы контрразведки и реорганизовал их в так называемые особые отделы (00) в действующих фронтах, флотах и армиях. Особые отделы действовали под оперативным руководством Третьего управления НКВД — Управления особых отделов. Несмотря на такую организацию управления, ГКО по-прежнему считал 00 составными частями НКО.
Советские источники описывали сферу ответственности 00 следующим образом:
