Заявления о том, что к покушению на Ленина в августе 1918 года имели отношение высшие советские руководители, прежде всего Бухарин, впервые прозвучали в 1938 году, во время процесса над Бухариным. Дело в том, что весной 1918 года, после подписания Брестского договора, левыми эсерами был поднят вопрос о создании совместно с левыми коммунистами оппозиционной Ленину партии, для чего предлагалось "арестовать Совет народных комиссаров" во главе с Лениным, объявить войну Германии, немедленно после этого освободить арестованных членов СНК и сформировать новое правительство из сторонников революционнной войны. Председателем нового Совнаркома предполагалось назначить Пятакова. Сами левые коммунисты о тех днях сообщали следующее:
,По вопросу о Брестском мире, как известно, одно время положение в ЦК партии было таково, что противники Брестского мира имели в ЦК большинство […] Во время заседания ЦИК, происходившего в Таврическом дворце, когда Ленин делал доклад о Бресте, к Пятакову и Бухарину во время речи Ленина подошел левый эсер Камков [и] […] полушутя сказал: "Ну, что же вы будете делать, если получите в партии большинство? Ведь Ленин уйдет, и тогда нам с вами придется составлять новый Совнарком. Я думаю, что председателем Совнаркома мы выберем тогда тов. Пятакова" […] Уже после заключения Брестского мира […] тов. Радек зашел к […] Прошьяну для отправки по радио какой-то резолюции левых коммунистов. Прошьян смеясь сказал тов. Радеку: "Все вы резолюции пишете. Не проще было бы арестовать на сутки Ленина, объявить войну немцам и после этого снова единодушно избрать тов. Ленина председателем Совнаркома". Прошьян тогда говорил, что, разумеется, Ленин как революционер, будучи поставлен в необходимость защищаться от наступающих немцев, всячески ругая нас и вас (вас — левых коммунистов), тем не менее лучше кого бы то ни было поведет оборонительную войну […] Любопытно отметить, что […] когда после смерти Прошьяна тов. Ленин писал о последнем некролог, тов. Радек рассказывал об этом случае тов. Ленину, и последний хохотал по поводу такого "плана"''(129).
Не позднее января 1937 года ГПУ стало собирать компрометирующую информацию для процесса против Бухарина. Именно в этот момент вспомнили о статьях в "Правде" 1923 года, равно как и о Семенове с Коноплевой. Оба сотрудника советской контрразведки были арестованы и по указанию органов НКВД дали компрометирующую информацию против Бухарина, предъявленную Бухарину в феврале. Положение Бухарина усугублялось тем, что именно Бухарин по решению ЦК в 1921 году (вместе с И. Н. Смирновым и Шкирятовым) формально рекомендовал Коноплеву для вступления в партию, а в 1922 году, тоже по решению ЦК, выступал защитником Семенова на процессе эсеров. 20 февраля 1937 года Бухарин пробовал оправдаться в письме к пленуму ЦК ВКП(б):
,Нельзя пройти мимо чудовищного обвинения меня в том, что я, якобы, давал Семенову террористические директивы […]. Здесь умолчано о том, что Семенов был коммунистом, членом партии […]. Семенова я защищал по постановлению ЦК партии. Партия наша считала, что Семенов оказал ей большие услуги, приняла его в число своих членов. […] Семенов фактически выдал советской власти и партии боевые эсеровские группы. У всех эсеров, оставшихся эсерами, он считался "большевистским провокатором". Роль разоблачителя он играл и на суде против эсеров. Его эсеры ненавидели и сторонились его как чумы''(130).
Поскольку Сталина при подготовке процесса над Бухариным меньше всего интересовала истина, опровержение Бухарина ничего не меняло, и на процессе "антисоветского право-троцкистского блока" 1938 года государственный обвинитель А. Я. Вышинский продолжал утверждать, что террористические директивы Семенов получал лично от Бухарина. Чуть позже Большая советская энциклопедия расставила соответствующие акценты и эпитеты:
"Сейчас неопровержимо доказано, что в подготовке убийства великого Ленина участвовали и гнусные троцкистско-бухаринские изменники. Больше того, омерзительнейший негодяй Бухарин выступил в роли активного организатора злодейского покушения на юенина, подготовлявшегося правыми эсерами и осуществленного 30 августа 1918. В этот день Ленин выступил на собрании рабочих завода б. Михельсона. При выходе с завода он был тяжело ранен белоэсеровской террористкой Каплан. Две отравленные пули попали в Ленина. Жизнь его находилась в опасности"(131).