Через сорок минут Сталин вызвал Маленкова к себе. Входит Маленков в кабинет, а Сталин ходит по кабинету и молчит. Затем с ходу спрашивает:
— Это вы сами писали записку?
— Да, это я писал, — отвечает Маленков.
— Это вы сами так думаете?
— Да, я так думаю.
Сталин подходит к столу и пишет на записке: «Членам Политбюро на голосование. Я согласен». И тут же попросил Маленкова подобрать человека на должность первого заместителя наркома НКВД, который бы удовлетворял трем условиям: имел опыт работы в органах, опыт партийной работы и чтобы Сталин мог ему доверять. Сталину было предложено семь кандидатур, он предпочел кандидатуру JL П. Берия.
Но в конце января 1939 года Ежов добивается приема у Сталина и обвиняет Маленкова в попустительстве врагам народа и белогвардейцам. Сталин вызывает Маленкова на ковер. Но прежде чем пойти к Сталину, Маленков приказывает помощнику снять в приемной портрет Ежова.
В словесной перепалке Маленков повторяет обвинения Ежову в уничтожении им преданных партии коммунистов. Ежов требует созыва Политбюро. Сталин отвечает: «Пройдите в кабинет Маленкова, поговорите еще, я сообщу свое решение». Спорщики пришли в кабинет Маленкова на Старой площади. Через некоторое время туда вошел Берия. При выходе из кабинета Ежов был арестован.
Маленков распорядился вскрыть сейф Ежова и нашел в нем личные дела, заведенные Ежовым на многих членов ЦК, в том числе на Маленкова и Сталина. Осуждение Ежова позволило Маленкову добиться освобождения К. К. Рокоссовского, прекратить следствие против министра промышленности И. Ф. Тевосяна.
На заседании Политбюро Молотов предложил создать комиссию Политбюро для разбора вопроса с Ежовым. На что Сталин сказал ему:
— А это вы видали? — И показал дело на себя. И, выдержав паузу, поинтересовался: — Вячеслав Михайлович, скажите, пожалуйста, за какие такие особые заслуги нет у Ежова материалов на вас? И на вас? — продолжал он, обращаясь к Ворошилову, Кагановичу, Хрущеву.
На XVIII съезде партии Маленкова избирают членом ЦК ВКП(б), а на Пленуме ЦК 22 марта 1939 года — секретарем ЦК. В Секретариат также вошли Андреев А. А., Жданов А. А., Сталин И. В.
С тех пор Маленков постоянно находится не только в составе этого органа, но и курирует управление кадрами ЦК ВКП(б), проблемы развития промышленности и транспорта.
В 1941 году Пленум ЦК избирает его кандидатом в члены Политбюро, а с начала войны вводит в состав Государственного Комитета Обороны.
Война застает Маленкова в Ленинграде, осень того же года — под Москвой, а август 1942-го — под Сталинградом.
Основной задачей его становится оснащение Красной Армии самолетами. С поручением, судя по всему, Георгий Максимилианович справляется, так как в сентябре 1943 года удостаивается звания Героя Социалистического Труда. Иными словами, Г. М. Маленков становился признанным лидером технократов и пользовался полной поддержкой большинства военачальников.
По свидетельству Андрея Маленкова, его отец в октябрьские дни 1941 года некоторое время находился в Москве один. Уловив, очевидно, какое-то недоверие в моих глазах, жестко подтвердил: «Да, один, потому что все руководство во главе со Сталиным из Москвы выехало. Сам Сталин отсутствовал десять дней».
А когда Сталин вернулся в Москву, Кремлем была получена телефонограмма из Хабаровска о том, что, по надежным разведданным, Япония не собирается нападать на СССР, свою агрессию она направила на Китай и Юго-Восточную Азию. Это известие сыграло решающую роль в переброске нескольких сибирских дивизий под Москву и в разгроме немцев на подступах к столице.
После войны Маленков с Берия становятся членами Политбюро. Но в августе 1946 года нарком НКГБ В. С. Абакумов на основании шифровок военного времени поставит перед ЦК КПСС вопрос о многочисленных случаях гибели советских самолетов из-за технических неисправностей. Возникает так называемое дело «авиационных работников». Маршал авиации А. А. Новиков, руководитель авиационной промышленности А. И. Шахурин арестовываются. Маленкова удаляют из Секретариата ЦК и в должности заместителя Председателя Совета Министров направляют на хлебозаготовки в Сибирь. На место его выдвинется А. А. Жданов. Заняв пост Маленкова, Жданов за женоподобный образ своего предшественника обзовет «Маланьей». Однако полной победе над Маленковым Абакумову с Берия воспрепятствовал секретарь ЦК КПСС А. А. Кузнецов, курировавший органы безопасности.
В 1949 году на имя Сталина поступает анонимка о якобы фальсификации выборов на объединенной городской и областной конференции коммунистов Ленинграда. В анонимке сообщалось, что ленинградская организация пытается противопоставить себя центру. Сталин поручает Маленкову разобраться с этим на месте. В результате проверки ленинградскую парторганизацию обвинили в сепаратизме; П. С. Попков, А. А. Кузнецов, М. И. Родионов, А. А. Вознесенский были арестованы и расстреляны, а Н. А. Вознесенский отправлен на Урал в телячьем вагоне без зимней одежды, отчего в пути основательно промерз, простудился и умер.