Первая охватывает примерно десять-одиннадцать месяцев 1928 года. Её основной политический итог выразился в том, что равновесие в высшем партийно-государственном руководстве перестало существовать. Рыков, Бухарин и Томский (Угланов уже был освобождён от руководства московской организацией) оказались в Политбюро в меньшинстве и, продолжая отстаивать свои взгляды, были вынуждены перейти в оппозицию по отношению к его большинству во главе со Сталиным.
Последний, наращивая свои удары, вместе с тем осуществлял обманные для своих противников манёвры. Именно летом 1928 года он пытался успокоить Бухарина, заявив: «Мы с тобой — Гималаи, остальные — ничтожества». Не к тому ли времени относится и его разговор с Рыковым, которому он предложил «руководить вдвоём» («Как два Аякса», — щегольнул Сталин знанием героев «Илиады»).
Их разговор не может быть воспроизведён дословно, его нельзя и точно датировать, ведь он мог произойти и в 1926— 1927 годах. Однако, сообщив о нем накануне своего ареста дочери, Н.С. Рыкова затем сказала: «Твой отец отказался… С тех пор и пошло…» А «пошло», как известно, в 1928 году…
Почти весь следующий, 1929 год, вплоть до ноября, борьба внутри руководства продолжалась, вступив в свою вторую, и заключительную, фазу. Несмотря на то что «тройка» осталась в меньшинстве, она не сложила оружие. Продолжались яркие выступления в печати Бухарина. Рыков осуществлял общее руководство завершением плана пятилетки, стремясь воплотить в нем директивы XV съезда.
Между тем Сталин счел, что пришло время для нанесения определяющих ударов. На апрельском (1929) пленуме ЦК и ЦКК он выступил с многочасовой речью «О правом уклоне в ВКП (б)», которая содержала умышленно обострённую и предвзятую критику взглядов Бухарина, Рыкова и Томского. Генсек дал беспощадную оценку этой группе, которая, как подчеркнул он, не просто фракционная группа, а «самая неприятная и самая мелочная из всех имевшихся у нас в партии фракционных групп». Таким образом, борьба с «правыми» впервые стала широко известна стране. Но пока её преподносили как дискуссию. Резкая и просто грубая речь Сталина в печати не появилась (она была опубликована лишь через двадцать лет). Не было сообщено и решение об освобождении Бухарина от должности редактора «Правды» и Томского от руководства ВЦСПС.
В день окончания пленума открылась XVI партконференция, утвердившая пятилетний план, фактическое осуществление которого уже началось с последнего квартала 1928 года. Основной доклад по этому вопросу сделал Рыков, содоклады — Кржижановский и Куйбышев.
Встреченный молчанием, Рыков представил выдержанный в спокойных тонах доклад. Вместе с тем он изложил в нем положение о необходимости и возможности осуществлять социалистические преобразования без больших социальных потрясений, что явно противоречило выдвинутому в 1928 году сталинскому тезису об обострении классовой борьбы по мере приближения к социализму. Кроме того, в докладе обосновывался вывод, что без развитого высокопродуктивного сельского хозяйства полнокровной индустриализации страны быть не может. Этот вывод вызвал критику делегатов, многие из которых только что были свидетелями разноса в речи Сталина на пленуме предложения Рыкова сделать в первые два года пятилетки усиленные вложения в сельское хозяйство, добиться его подъема и тем самым обеспечить последующее развитие промышленности.
В целом же критика «правых» на конференции ограничилась принятием резолюции, поддерживавшей решения только что прошедшего пленума ЦК и ЦКК. В последующие месяцы могло даже показаться, что она заглохла.
Однако сталинские «оргвыводы» продолжались. В мае прошел очередной, XIV Всероссийский съезд Советов, на котором Рыков, как обычно, выступил с докладом правительства РСФСР.
Отметим в связи с этим докладом одно важное положение, которому тогда, в весенне-летние недели 1929 года, Рыков придавал особое значение. Ещё накануне Всероссийского съезда Советов, выступая на заседании правительства, он подчеркнул: «В этом году произошли два крупнейших события: окончание районирования страны и составление пятилетнего плана развития народного хозяйства». К настоящему времени, констатировал глава правительства, мы в силу скудости наших ресурсов и отсутствия планирования на длительную перспективу централизовали не только регулирующие, но и в значительной степени оперативные функции. Проведение районирования и принятие пятилетки давали возможность, по убеждению Рыкова, отказаться от такой «зацентрализованности», осуществить, как заявил он на XIV Всероссийском съезде Советов, «принцип децентрализации управления в целях значительной разгрузки центральных органов от оперативных функций и усиления планирующей и регулирующей работы этих органов».
Заявленный Рыковым принцип децентрализации шел вразрез с административно-командной системой и не мог быть ею принят. Все более чуждым для тех, кто насаждал и укреплял эту систему, становился и сам Рыков.