Как ни наивничал Феофил, упиваясь своей победой и даже презирая суд над ним Рима, но ход времени приближал ликвидацию его близорукого и мимолетного торжества. Правда была по суду народной совести и суду Рима на стороне загубленного праведника. Сменилась власть, творившая неправду. В 408 г. умер император Аркадий. Хотя принятый курс политики при малолетстве сына Аркадия 7-летнего Феодосия II официально и продолжался, но церковные низы, тяготевшие Иоанну Златоусту и прозванные уже «иоаннитами», в предчувствии перемен продолжали своим упорным ростом завоевывать себе свободу. Все изгнанные за свое бегство в Рим епископы твердо держались на стороне «иоаннитов». У официального главы Константинопольской церкви архиепископа Аттика храмы не были полны народом, a в неразрешенных молитвенных собраниях вне города (за столбами застав, εξω κιονων) участвовали густые толпы. Сам Аттик по смерти императора Аркадия (408 г.) поневоле счел нужным относиться терпимо к упорствующим и этим вовлек часть их в официальную церковь. Но часть населения и большинство епископов не сдавались на примирение. И сестра Феодосия II Пульхерия, достигшая в 419 г. своего 16-летнего возраста и приобщенная к власти со званием «августы», сложилась в убежденную сторонницу мира с папами и оправдания памяти Иоанна Златоуста. Но эти предрасположения Пульхерии до времени не изменяли заведенного Феофилом Александрийским «неумного» курса церковной политики. «Неумного» для самой Александрии, традиционно опиравшейся на Рим в защите своего второго почетного места. Сейчас неумный Феофил, вульгарно говоря, «в ус себе не дул», когда даже самые авторитетные богословы александрийского патриархата возмущались его неправедным судом. Так, открыто осуждал Феофила преподобный Нил Синайский, в миру бывший крупным чиновником в Константинополе, и преподобный Исидор Пелусиот (из Пелусия). Исидор укорял всех, не щадя вместе с Феофилом и самого императора Феодосия II. Он писал: «Египет всегда был врагом Моисея, приверженцем фараона. Теперь против святого учителя выдвинул этого Феофила, человека жадного до драгоценных камней и золота. K нему примкнули четыре участника, четыре отступника, как и он, – Акакий, Севир, Антиох и Квирин. И они его уничтожили». Все такого рода письма тогда выполняли роль публицистических журнальных статей; распространялись и читались.
B Антиохии, на родине Златоуста, память о нем искусственно полицейски подавлялась, пока жив был поставленный с этой целью Порфирий. Как только он умер в 414 г., избранный на его место старый монах Александр посвятил себя не партизанству, которым с арианских времен болела Антиохийская церковь, a объединению. Он примирил с собой упорные остатки «малой церкви», оказавшейся после Евагрия без епископа. Он восстановил в диптихах запретное имя Иоанна Златоуста, и все, кто противились покойному Порфирию, воссоединились с церковью. Все клирики были приняты Александром в сущем сане, в том числе и два епископа, Елпидий и Пап, удаленные за верность Златоусту. Протоколы этих двух воссоединений Александр Антиохийский послал к папе Иннокентию (415 г.). Благодаря этому мир антиохийской и римской церквей был восстановлен.
Александр поехал в Константинополь и вдохновил там народ требовать возношения имени Иоанна Златоуста в диптихах. Но Аттик еще не мог этого допустить. Да и в самой Антиохии по смерти Александра преемник его Феодот снова вычеркнул имя Златоуста из диптихов. И «казенная» партия вновь подняла голову. Старый дипломат до цинизма Акакий Веррийский, лицемерно уступивший имя Златоуста Александру, хотел снова зачеркнуть его в диптихах. Но народ уже поднял голову и вынудил Феодота вновь провозгласить Златоуста, эту подлинную антиохийскую славу. Движение передалось и в столицу. Сам Аттик получил указание от двора вставить в диптихи имя Иоанна. И через это народное волнение улеглось. Настал черед и для Александрии почистить свою репутацию гонительницы Иоанна Златоуста и вместе с тем почти противоестественной противницы Рима. Феофил умер в 412 г. Еще при жизни его целый африканский собор епископов 407 г. делал попытку примирить Феофила с восстановлением имени Златоуста в диптихах. Все напрасно. Место Феофила занял его племянник Кирилл, столь же темпераментный и пристрастный. Он был двумя головами выше своего дядюшки по богословским знаниям и способностям, человек смелый и настойчивый. Нелегко было такому переменить курс своей мысли.