После этого и Павел, и Иоанн даже сослужили с патриархом Иоанном. Но когда они не добились от него обещанных на словах заявлений против Халкидонского собора и он сослался на необходимость соглашения с римским папой, то они начали протестовать. Власть заключила протестантов в тюрьму. За писания из тюрьмы против императора, патриарха и папы Павлу утрожали смертной казнью. Пытки устрашили Павла, и он вторично подписал акт отречения от своих убеждений. Власти широко распубликовали это силой вырванное отречение. Павлу в награду обещали кафедру в Иерусалиме или Фессалонике. Но Павел отказался, убежал из патриаршего дома и скрылся в Константинополе. Полиция его не нашла, и он убежал далее, к своим родным сирийцам, в царство гассанидов. Правоверные монофизиты не хотели принимать Павла за двукратное изменничество. Но мудрый Иаков, Барадай ценил страдания Павла и, после трехлетней эпитимии, целиком восстановил его.
Иоанн Асийский не сдался и 6 лет провел в тюрьмах и ссылке.
Константинополь и Малая Азия путем насилия были присоединены к православию. Но вот в 574 г. Юстин II впал в безумие, и Тиверий стал правителем империи. Сразу гонения прекратились. Монофизиты опять вышли из подполья и начали организовываться. Иоанн Асийский появился в Константинополе. Либеральная политика Тиверия, как сейчас увидим, помогла и египетским монофизитам прочно организоваться в еретическую церковь. Но восточная сирская «база» яковитской церкви продолжала жить и укрепляться при всех оборотах политики дальнейших византийских императоров.
При императоре Маврикии (с 582 г.) династия гассанидов (в государстве-буфере, на границе с Персией) – покровителей яковитов – была упразднена и введено византийское управление. Через это и борьба против монофизитской церкви распространилась из Константинополя и на это убежище ереси. Пришлось некоторым гонимым монахам бежать к монофизитам в Египет.
После убийства Маврикия Фокой началось в 604 г. победоносное наступление персов. Яковиты вместе с персидскими войсками тоже «наступали» и отбирали кафедры y «халкидонитов». С приближением персов в 609 г. в Антиохии произошло восстание против греков, в котором приняли видное участие евреи. Среди беспорядков неясно кем был зверски убит православный патриарх Афанасий. В 611 г. Антиохия была взята персами. Кафедра православного патриарха после этого надолго оставалась фактически незамещенной. Хотя Антиохия временно и освобождалась от персов, но Антиохийские патриархи продолжали жить беженцами в Константинополе. Только в 742 г. появился в Антиохии снова православный патриарх. Наступала эпоха тотального завоевания Антиохийского и Иерусалимского патриархатов арабами. И как раз перед этим моментом, как бы «под занавес», произошел захват их персами. Персы взяли в плен Иерусалимского патриарха Захарию вместе с древом Креста Господня. От жестокостей войны страдали не только православные (мелкиты), но и яковитские епископы и монахи. Они устремились, как беженцы, в свой Египет, a местные египетские монофизиты ждали персов как освободителей. И однако с приближением персов все-таки насельники некоторых монофизитских монастырей убежали из Египта на дальний африканский запад, в Карфагенскую область, и там распространили свое монофизитство.
По смерти Александрийского патриарха Феодосия (в Деркосте, при Юстине II) правительство всячески препятствовало египетским монофизитам в их попытках провести своего
