Так, Андрей сильно не ладил с церковными иерархами, формально находившимися вне его власти. Он трижды (!) изгонял из княжества ростовского епископа грека Леона, поставленного на кафедру в 1158 году вместо изгнанного же из Суздальской земли епископа (и тоже грека) Нестора. Когда по настоянию церковных властей Киева и Константинополя Леон был возвращён в Суздальскую землю (уже во второй раз!), Андрей принял его, но велел пребывать в Ростове, «а в Суздале не дал ему сидеть» — и уж тем более не позволил находиться рядом с собой во Владимире, новой столице княжества. А всего четыре месяца спустя вновь прогнал его из своей земли, разойдясь с ним в толковании некоторых важных для себя церковных правил. Ставленник Андрея «лжеепископ» Феодор (тот самый, о зверствах которого поведал летописец) тоже не оправдал ожиданий князя. К тому же он не получил признания ни в Киеве, ни в Константинополе — а потому был отставлен Андреем и отправлен на церковный суд в Киев, где подвергнут мучительной казни («...тамо его осекоша, и языка урезаша, яко злодею еретику, и руку правую отсекоша, и очи ему выняша» — как видим, нравы в Киеве были ничуть не гуманнее, чем в Суздале или Владимире). Тем более могло достаться от князя тем из бояр, которые не одобряли новшества в его политике. А к их числу в первую очередь принадлежали «передние мужи» его отца — старые бояре князя Юрия Долгорукого, претендовавшие поначалу на главные роли и в окружении Юрьева сына.
Особое беспокойство у Андрея должна была вызывать ситуация в его собственном, сильно разросшемся семействе. Конечно, Андрей обладал непререкаемым авторитетом и его слово было законом для любого из родичей. Но у Андрея подрастали сыновья, и об их будущей судьбе он должен был позаботиться заранее. Князь хорошо понимал: случись что с ним — и с его сыновьями считаться будут ещё меньше, чем ныне он считался с любым из братьев.
Всего у Андрея было четверо сыновей. Старших, Изяслава и Мстислава, он рассматривал как прямых продолжателей своего дела, своих ближайших наследников. (Двое других были значительно младше. Третий сын, Юрий, появился на свет в годы владимирского княжения отца; когда Андрей умер, он оставался ещё ребёнком. Четвёртый же сын Андрея, Глеб, в летописях вообще не упоминается. Мы знаем о нём лишь то, что умер он раньше отца, но в каком возрасте, неизвестно. Впоследствии его мощи прославились чудотворением; было составлено его Житие, и ныне князь Глеб Владимирский почитается как святой.)
Андрей очень рано стал привлекать своего первенца Изяслава к участию в военных предприятиях, стремясь, чтобы тот не только набрался военного опыта, но и, что называется, показал себя. Так, зимой 1159/60 года Андрей отправил его «со всим полком своим» к городу Вщижу на реке Десне, на помощь своему зятю Святославу Владимировичу (из рода черниговских князей Давыдовичей). До кровопролития тогда не дошло: известие о том, что сын Андрея «с силою многою ростовскою» движется к городу, заставило враждующих князей пойти на мировую. Вероятно, юный Изяслав лишь номинально возглавлял суздальское войско; у Андрея имелись опытные, проверенные воеводы, которым он вполне доверял и которые на деле могли руководить и войском, и юным княжичем. Но главное было не в этом: сын Андрея Боголюбского сумел заявить о себе как о полноправном князе, наделённом всеми атрибутами княжеской власти. Участвовал он и в самом масштабном военном предприятии отца за первый период его княжения — победоносном походе на волжских болгар в 1164 году. Однако спустя немного времени, 28 октября того же 1164 года (или, по-другому, следующего, 1165-го), княжич умер, и старшим стал второй сын Боголюбского Мстислав. Теперь отец должен был заботиться о его интересах и всемерно поддерживать его авторитет, особенно среди его дядьёв, то есть своих братьев.
Как и Юрий Долгорукий, Андрей не собирался дробить княжество на уделы. Но тем труднее ему было удовлетворить амбиции братьев. Наиболее амбициозный и деятельный из них, Глеб, княжил в Южном Переяславле, и это вполне устраивало Андрея. Другой Юрьевич, Борис, также бывший соратником Андрея по многочисленным военным походам отца, как мы помним, бежал из Киева в Суздальскую землю. По всей вероятности, Андрей предоставил ему для жительства Кидекшу — город-замок, основанный Юрием Долгоруким на реке Нерли, близ впадения в неё речки Каменки, недалеко от Суздаля, — но предоставил не в качестве особого удела, а в качестве княжеской резиденции. Здесь Борис и умер 12 мая 1159 года и был похоронен с почестями в присутствии Андрея и других братьев; здесь же будут со временем погребены и его супруга и дочь.
