Изучение грибов в чистой культуре показывает, что оптимальна для них кислая среда, однако предельные значения кислотности для разных грибов различны. Некоторые виды пенициллов и аспергиллов, например, могут развиваться в очень широких пределах кислотности — от сильнокислой до щелочной среды (рН от 1,5-2 до 11). Кроме того, начиная свой рост в щелочных условиях, грибы могут активно изменять реакцию среды в кислую стороны за счет образования углекислого газа и органических кислот. Поэтому предпочтение грибами кислых субстратов связано не только с более подходящей для их роста реакцией среды, но и, вероятно, в большей мере с отсутствием или слабым развитием в таких субстратах их основных конкурентов — бактерий и актиномицетов.
На любых естественных субстратах, будь то почвы, растительные остатки, поверхность растений и т. п., грибы не развиваются в чистой культуре, а встречаются в очень сложных группировках или сообществах, в состав которых входят другие микроорганизмы (бактерии, актиномицеты), а также микроскопические животные — амебы и другие простейшие, нематоды, насекомые и др., вступают также во взаимодействие с растениями и животными. В таких группировках существуют очень сложные взаимодействия между входящими в их состав организмами: от отрицательных, подавляющих развитие организмов — конкуренции за источники питания или воду, выделения продуктов обмена, подавляющих рост других организмов (антибиоз), до положительных, благоприятных для организмов — образования одними организмами веществ, используемых в пищу другими организмами (метабиоз), или симбиотических отношений. Некоторые грибы, обладающие вследствие медленного роста или по другим причинам слабой конкурентной способностью, часто развиваются в таких условиях и на таких субстратах, где конкурентные организмы отсутствуют. Таковы, например, многочисленные карбофильные грибы, растущие на гарях и кострищах. Их можно встретить на свежих кострищах уже через 10-12 дней. Первыми на них развиваются красно-оранжевые корочки сливающихся апотециев пиронемы, позднее появляются геопиксисы и некоторые пецицы, сморчки, а затем специфические шляпочные грибы (чешуйчатка огнелюбивая и др.) и печеночные мхи.
Развитие грибов в значительной мере зависит от деятельности человека. Мы уже упоминали, что человек часто переносит пропагулы грибов, способствуя их распространению. К сожалению, это касается преимущественно грибов-паразитов, вызывающих болезни растений. В процессе освоения новых пространств коренным образом меняются условия среды, и это неизбежно отражается на развитии грибов. Там, где нет леса, уже не встретишь грибов, образующих микоризу с деревьями — белых, подосиновиков, подберезовиков, рыжиков и др. В окультуренных почвах, в противоположность лесным резко сокращается содержание базидиальных грибов, зато развивается множество таких микроскопических грибов, как пенициллы, аспергиллы, фузариумы и др.
Резко нарушается развитие грибов, особенно шляпочных, и в лесах, где пасут скот, или подверженных сильной рекреационной нагрузке, которая особенно сильна в лесах лесопарковых зон крупных городов. При сильном вытаптывании уплотняется почва, изменяется травяной покров, а вслед за этим и состав грибов. Кроме того, много мицелия уничтожается при варварском сборе грибов, когда грибники буквально разворачивают лесную подстилку в поисках совсем крошечных, еще не вышедших на поверхность плодовых тел. От рук отдыхающих немало гибнет и несъедобных грибов — сбитых или раздавленных мухоморов и других поганок. Такому "грибнику" и невдомек, что ненужные ему грибы — необходимые компоненты сложного сообщества, каким является лес, участвующие в минерализации опада, образующие микоризу с деревьями, служащие пищей для многочисленных животных.
При бережном отношении к лесу можно сохранить высокие урожаи грибов даже при частом посещении его отдыхающими и грибниками. Давно известно, что многие грибы растут в основном на опушках и вдоль лесных дорог, а в лесной чаще их меньше
Предпринимались попытки повысить урожай грибов путем внесения в лесную почву удобрений. Экспериментами, проведенными в березовых и сосновых лесах Карелии, были выявлены интересные закономерности действия удобрений на плодоношение разных видов грибов. Внесение их в почву раз в 4-5 лет стимулировало плодоношение у одних видов грибов и полностью подавляло у других. В березняках, например, уже в первый год после добавления к почве азота или полного удобрения появлялись черные грузди и свинушка тонкая, а на второй год последняя развилась так сильно, что составила 90% всего урожая грибов. В то же время на таких участках почти совсем пропали белые грибы, паутинники и некоторые другие, урожай которых не восстановился даже через 4 года после внесения удобрений.
