К XII веку новгородцами были уже заселены не только берега рек Волхов и Луга, но и берега Невы вплоть до ее устья. Селения, строились на правом берегу Большой Невы, и принадлежали к Спасско-Городенскому погосту Ореховского уезда, а селения левого берега — к Николо-Ижорскому погосту Новгородского уезда. На реке Охте находились пять деревень Тимофея Евтихиевича Грузова с 32 дворами и до десяти селений других владельцев, в каждом не более двух дворов. Фомин остров имел 30 дворов и причислялся к волости Лахта, которую держали наместники города Орешка.
На Заячем острове была всего одна деревня, носившая название Яниссаари. Состояла она всего из одного-двух дворов, а с 1643 года окончательно опустела.
Местность по левому берегу Невы напротив Фомина острова имела три деревни с восемью дворами. Васильев остров был в совместном владении двух посадников, Александра Самсонова и Елевферия Ивановича Вязгунова, по 12 дворов у каждого, частью пашенных, частью рыболовных. Ещё гуще, чем Невская дельта, были заселены места по рекам Ижора и Славянка. Малолюдных деревень здесь было множество.
В городе Новгороде неуклонно росло экономическое и политическое значение. Новгородцы постепенно сделали должность князя выборной. Разумеется, выбор происходил не среди граждан Новгорода, а среди чрезвычайно размножившихся князей Рюриковичей, точнее, потомков Ярослава Мудрого. Права князя постоянно ограничивались, и к XII веку князь стал всего лишь предводителем наёмных войск, защищавших город, и он не имел права вмешиваться в дела Новгорода и подвластных ему земель.
В мае 1136 года в г. Новгороде вспыхнуло восстание. Возле княжеских палат собрались новгородцы. Они решали на вече один вопрос о князе Всеволоде Мстиславовиче. И когда всё было решено, 28 мая князя Всеволода Мстиславовича из рода Мономаха арестовали. Спустя несколько дней, 15 июля его вместе с семьёй изгнали из города. В 1137/38 годах его пригласили жители г. Пскова на княжение.
Зимой 1141 года Изяслав Волынский передал своей сестре Агафье Мстиславовне, жене Всеволода Ольговича письмо:
Через некоторое время Святополк направился в г. Новгород.
В начале 1142 года новгородцы услышав о приезде князя Святополка арестовали своего князя Ростислава Юрьевича. А когда Святополк 19 апреля пришёл в г. Новгород, то освободил он Ростислава, отпустив его к отцу.
Не смотря на то, что Новгородская республика, которая основалась в 1136 году, жила своей жизнью, борьба между г. Новгородом и Швецией за территории продолжалась. Город Ладога — «Земля Ирины» была местом частых вооружённых столкновений. Ладожская крепость подвергалась в 1142 году дважды.
Однажды, к устью Невы подошли 60 гребных судов. В них находилось до 3000 шведов.
Увидев три купеческих корабля, шедших из г. Новгорода, разбойники атаковали их. В той схватке купцы отбились, убив 150 шведов, а уцелевшие на судах отправились восвояси.
Упорное сопротивление новгородской колонизации оказывали и финские племена емь, сумь и другие. В том же 1142 году пришло войско еми и напали на Ладожскую крепость. В том бою новгородцы перебили всех до единого. Жители села Ладога узнав о нападении еми на новгородцев, искали их, и когда нашли убили до 400 человек.
Летом 1143 года карелы совершили поход на емь, но были побиты. В 1149 году в зимнюю пору емь в составе 1000 ратников совершила набег на новгородскую волость «Водская Пятина». Новгородцы послали против еми отряд из 500 человек. Всё племя, участвовавшее в набеге, были перебиты либо взяты в плен.
В 1164 году шведская флотилия подошла на кораблях к Ладоге, и осадило город. Ладожане сожгли свой посад, а сами с посадником Нежатою заперлись в каменном кремле и послали за помощью в Новгород. Шведы попытались взять кремль приступом, но были отражены с большими потерями. Тогда они отошли к устью реки Вороной и устроили там укрепленный лагерь. Через пять дней к лагерю шведов подошли воины новгородского князя Святослава Ростиславовича и посадника Захария. Атака русского войска оказалась для шведов неожиданностью. Большинство шведов было убито или взято в плен. Из 55 судов сумели уйти лишь 12.
14 июля 1187 года начался морской поход новгородцев на шведскую столицу г. Сигтуна. Цель похода — защитить русские земли от шведских набегов. В походе участвовали русские, карелы и эсты.
Флотилия кораблей с новгородскими, ижорскими и карельскими воинами скрытно прошла по шведским шхерам к Сигтуне. Столица шведов была взята штурмом и сожжена. В ходе боя был убит архиепископ Ион.
Русско-карельская рать благополучно вернулась домой, прихватив в качестве трофея Сигтунские ворота и установили их в соборе Святой Софии. Шведы не стали восстанавливать разрушенную Сигтуну, а начали строить новую столицу Стокгольм. Стокгольм основали вдова архиепископа Иона и ярл Биргер из рода Фолькунгов.
В 1191 году новгородцы вместе с карелами ходили на емь, жгли их землю, перебивали скот.