Одновременно продолжалась боевая учеба полка на аэродроме «Нивенское». Постепенно обновлялся и вертолетный парк. В 1990 г. в 288-м ОВП насчитывалось уже 48 вертолетов Ми-24 и 20 Ми-8 различных модификаций. Однако вскоре процессы технического обновления в Вооруженных Силах практически повсеместно прекратились. Кроме того, западное направление перестало считаться столь напряженным и потенциально опасным, как прежде. Начался процесс сокращения. Полк перешел на двухэскадрильный штат и стал включать 1-ю эскадрилью вертолетов огневой поддержки Ми-24 и 2-ю эскадрилью транспортно-десантных вертолетов Ми-8. Согласно данным в иностранной печати, в начале 2000 г. в полку оставалось 20 вертолетов Ми-24 и 29 вертолетов Ми-8. В дальнейшем, по мере исчерпания ресурса, а также в ходе ротации техники между вертолетными частями парк еще более сократился. Сокращению количественного состава авиатехники «способствовали» реформирование и оргштатные мероприятия.
В декабре 1997 г. 288-й ОВП был передан из состава ликвидировавшейся 11-й Гвардейской общевойсковой Армии в состав Морской авиации Балтийского флота. Вскоре после этого полк принимал участие в первых после распада СССР масштабных учениях на западном театре «Запад-99», в ходе которых велась отработка ответных действий Российской Армии на случай неспровоцированного нападения потенциального противника, в т.ч. на Калининградскую обл., изолированную от «большой России».
С 1 июля 2002 г. полк был переформирован в 125-ю отдельную вертолетную эскадрилью ВВС и ПВО БФ, которая в июне-июле того же года была перебазирована на аэродром «Чкаловск», где с 1 марта 2003 г. возобновила дежурство в интересах ПВО Калининградского особого оборонительного района.
В настоящее время на вооружении эскадрильи находятся вертолеты Ми-24ВП и Ми-8 модификаций Ми-8Т, Ми-8ТВ, Ми-8ПС, Ми-8МТ. Большинство из них уже прошли ремонт и могут еще длительное время находиться в строю. Но главной сегодняшней проблемой, как и в большинстве других вертолетных полков и эскадрилий, является нехватка ресурсных запасных частей и – пожалуй, в первую очередь – лопастей несущих винтов, которые с заметным увеличением интенсивности полетов в последние несколько лет требуют все более частых замен. Очевидно, что потребуется еще длительное время и немалые государственные ресурсы для восстановления и наращивания сократившегося боевого потенциала, но, тем не менее, сегодняшние проблемы уже не выглядят непреодолимыми.
Сегодня 125-я ОВЭ, которой с 2005 г. командует подполковник Сергей Кунин, выполняет задачи в интересах обеспечения действий Балтийского флота, в т.ч. функции огневой поддержки сухопутных и береговых войск, операции на море, транспортные задачи, частично задачи ПВО Калининградского особого оборонительного района и различные специальные задачи. Пройдя становление в боевой учебе, через боевую работу в «горячих точках», через болезненные реформы и сокращения 90-х и начала 2000-х гг., отдельная эскадрилья винтокрылых «шершней» продолжает с честью нести свою службу на самом западе Российской Федерации, оставаясь верной боевым традициям, сформированным поколениями вертолетчиков за 30 лет.
