| Рег. номер | Серийный номер | Год выпуска | Ввод в эксплуатацию | Последний коммерческий рейс | Налет, тыс.ч (выработка ресурса) | Актуальный статус |
| «Домодедовские авиалинии» | ||||||
| RA-96006 | 01003 | 1992 | 1993 | 11.10.2008 | 21,137 (53%)* | На хранении в Домодедово с 2008 г. |
| RA-96009 | 01006 | 1994 | 06.1994 | 26.08.2008 | 20,027 (50%)* | |
| RA-96013 | 02013 | 1999 | 04.1999 | 14.05.2008 | 17,545 (44%)* | |
| «Красноярские авиалинии» | ||||||
| RA-96014 | 02014 | 2004 | 06.2004 | 22.09.2008 | 8,457 (38%)** | После переоборудования в 2011-2012 гг. переданы в СЛО «Россия» |
| RA-96017 | 02011 | 2004 | 09.2004 | 20.08.2008 | 8,542 (39%)** | |
| Cubana de Aviacion (Куба) | ||||||
| CU-T1250 | 02015 | 2005 | 12.2005 | - | н/д | Находятся в эксплуатации |
| CU-T1251 | 02016 | 2006 | 03.2006 | - | н/д | |
| CU-T1254 | 02017 | 2006 | 12.2006 | - | н/д | |
| Рег. номер | Серийный номер | Год выпуска | Ввод в эксплуатацию | Число пасс. мест * |
| RA-96012 | 01009 | 1995 | 08.1995 | 31 |
| RA-96016 | 01010 | 2003 | 03.2004 | 30 |
| RA-96018 | 02018 | 2007 | 12.2007 | 157 |
| RA-96019 | 02019 | 2009 | 04.2009 | 157 |
| RA-96017 | 02011 | 2004 | 01.2012 | 147 |
| RA-96014 | 02014 | 2004 | 08.2012 | 147 |
| RA-96020 | 02020 | 2012 | 01.2013 | 47 |
| RA-96021 | 03021 | 2013 | 01.2014 | 65 |
Коммерческая эксплуатация трех грузовых Ил-96-400Т (RA-96101, 96102, 96103), успевших сменить в процессе своей постройки нескольких заказчиков («Атлант-Союз», «Аэрофлот-Карго», «Полет») продолжалась в авиакомпании «Полет» с осени 2009 по весну 2013 гг. С прошлого лета они находятся на хранении на ВАСО и ожидают переоборудования в различные спецверсии для Минобороны. Четвертый изготовленный в 2011 г. для «Полета» Ил-96-400Т (RA-96104) в коммерческую эксплуатацию поступить так и не успел. В настоящее время он проходит переоборудование на ВАСО в самолет VIP-класса для компании «Роснефть». Коммерческие заказы на новые «грузовики» Ил-96-400Т пока не предвидятся, однако в будущем не исключен вариант постройки некоторого количества новых самолетов на базе планера Ил-96-400 для Министерства обороны.
Всего за 25 лет, прошедших с момента первого полета прототипа Ил-96-300, состоявшегося 28 сентября 1988 г., было построено два опытных и 25 серийных самолетов Ил-96 (21 – Ил-96-300 и четыре Ил-96-400Т). Первый и второй летный экземпляры Ил-96-300 (RA-96000, переоборудованный в 1993 г. в прототип Ил-96МО, и RA-96001), изготовленные опытным производством АК им. С.В. Ильюшина в Москве, после завершения испытаний долгое время находились на хранении на территории летно-испытательной базы ОАО «Ил» в Жуковском, пока не были утилизированы в мае 2009 г.
