Пропажу святыни обнаружили ранним утром 29 июня 1904 года. Дверь в храм была взломана, церковный сторож Захаров — связан. Исчезли две иконы: Казанская Богоматерь и Спас Нерукотворный.
На ноги тут же была поднята полиция, и по горячим следам похититель был быстро найден. Им оказался Варфоломей Чайкин (известный еще как Стоян), крестьянин двадцати восьми лет, рецидивист и специалист по церковным кражам. На его совести целый ряд краж из церквей Казани, Коврова, Рязани, Тулы и Ярославля в 1903–1904 годах. Причем самих образов он не крал, а лишь сдирал с них ризы.
И на этот раз он утверждал, что драгоценности и оклад образа продал, а саму икону расколол и сжег в печи.
25 ноября 1904 года начался судебный процесс. На нем было шесть подсудимых: сам Чайкин-Стоян и некто Комов — виновники кражи, церковный сторож Захаров, которого подозревали в соучастии, ювелир Максимов, обвинявшийся в содействии и скупке золота и жемчугов с икон, сожительница Чайкина Кучерова и ее мать Шиллинг, которых обвиняли в укрывательстве виновников кражи и похищенных ценностей.
Примечательно, что Чайкин на предварительном следствии отрицал уничтожение икон. Но сожительница, ее малолетняя дочь и мать показывали, что видели, как он разрубал иконы на щепки и сжег в печи. При обыске в печи были действительно найдены обгорелые жемчужины, загрунтовка с позолоты, проволоки, гвоздики, петли, которые, по показаниям монахини-свидетельницы, находились на бархатной обшивке иконы. По показаниям Шиллинг, пепел от икон был брошен в отхожее место, где и был найден полицией.
В итоге Чайкин был осужден на двенадцать лет каторги. Остальные подсудимые получили меньшие приговоры, а Захарова оправдали.
Однако поиски иконы и проработка других возможных версий продолжались. Уж больно высокую ценность для всех россиян имела знаменитая икона, не говоря уж о стоимости ее оклада, слишком уж мощный резонанс вызвало это похищение. Стоит также помнить, что похищены были две иконы, и пепел мог принадлежать лишь одной из них — менее ценному Спасу Нерукотворному. К тому же оклады обеих икон найдены так и не были.
Поэтому возникла версия, что икону Казанской Богоматери Чайкин за огромную сумму перепродал старообрядцам — они действительно занимались широкой скупкой дониконовских икон, в частности, брали их из старинных московских храмов во время разорения Москвы в нашествие Наполеона. В итоге 12 ноября 1909 года в недрах полиции появился секретный доклад. В Казань был послан специальный чиновник, так как до министерства дошли «серьезные сведения о сохранности чудотворной иконы Казанской божией матери». Товарищ министра внутренних дел Курлов отстранил казанского губернатора и начальника казанского жандармского управления от розыска, доверив его автору доклада Прогнаевскому. А Кошко направил в помощь ему двух самых опытных агентов. Один из них и доложил о продаже иконы старообрядцам.
К Чайкину, находившемуся в то время в тюрьме в Ярославле, подсылают шпионов, через которых пытаются узнать о местонахождении иконы. Но он теперь лишь твердит о сожжении иконы, а не о продаже. Однако слухи о возобновлении следствия расходятся уже по всей Империи, причем не минуют и тюрем.
И тут неожиданно в саратовской тюрьме возникает арестант Кораблев, который заявляет, будто знает, где находится икона. Вступившему с ним в контакт епископу Саратовскому Гермогену Кораблев сообщает, что икона якобы действительно находится у старообрядцев, и обещает помочь ее вернуть, если ему смягчат участь и переведут в другую тюрьму, где он смог бы вступить в контакт с другими участниками «дела». Несмотря на то, что у «версии» Кораблева находятся влиятельные сторонники, опытный в делах сыска Прогнаевский вскоре убеждается, что никаких данных у арестанта нет, а он просто хочет организовать побег.
Тем не менее и после заключения Прогнаевского поиски иконы продолжаются. И тут возникает «дублер» Кораблева, каторжанин читинской тюрьмы Блинов. Причем все идет по тому же сценарию. Блинов просит о смягчении участи, о переводе в другую тюрьму. Его версию поддерживают епископ Читинский Иоанн и даже великая княгиня Елизавета Федоровна, которую ставят в известность о предложениях арестанта и которая через посредников вступает в переговоры с вором. В 1915 году в Курске проводится специальное совещание по разработке новой версии. Однако следователи обнаруживают, что Кораблев лишь хотел сделать копию и выдать ее за настоящую икону, и его снова заковывают в кандалы. Окончательной правды не удалось добиться и от Чайкина.
Была ли сожжена икона? Если нет, где она находится? А если была действительно уничтожена Чайкиным, то куда делась ее драгоценная риза? Эти вопросы так и оставались без ответа многие годы. Конечно, специализация Стояна на похищении одних лишь окладов, показания его самого и свидетелей вроде бы подтверждают версию об уничтожении иконы. Но, с другой стороны, прожженный рецидивист прекрасно понимал, что стоимость самого образа гораздо выше стоимости ее ризы.