Считается, что весть о Понапе впервые привез в Старый Свет испанский мореплаватель Альваро де Сааведра: он обнаружил остров 19 октября 1529 года. Вторично открыл Понапе еще один испанский капитан — Педро Фернандес
В январе 1828 года у берегов Понапе бросил якорь русский шлюп «Сенявин», совершавший кругосветное плавание. Капитан шлюпа Федор Петрович Литке нанес на карту очертания Понапе, он же впервые дал точные сведения о природе острова и его обитателях. В честь шлюпа — и в честь знаменитого русского флотоводца адмирала Д. Н. Сенявина — группа островов, включающая Понапе, и получила свое название.
К тому времени Нан Мадол представлял собой уже заброшенный уголок острова, но сам Понапе был еще полон жизни. Почему жители ушли из базальтового города, сработанного, казалось, на века? Долгое время исследователи не могли найти ответа на этот вопрос.
Для Нан Мадола трудно подобрать точное определение. Это и город на воде, и святилище, и искусственный архипелаг… Состоит он из девяноста двух (а вовсе не из восемнадцати) рукотворных островков, воздвигнутых на коралловом рифе и занимающих площадь около 130 гектаров (Я. Вольневич занизил цифру более чем в три раза). Длина отдельных островков доходит до ста метров, а сложены они из громадных призматических базальтовых балок весом от одной до нескольких тонн. Точнее, так: из балок сложены «стены» островков, а внутри пространство заполнено коралловым щебнем. Для прочности стены некоторых островков сделаны двойными, да еще с поперечинами, с крестовинами, с укрепленными углами. Угловой камень на одном из островков весит более пятидесяти тонн! Толщина слоя коралловой щебенки — от одного до двух метров, таким образом, внутреннее пространство островков было всегда сухим, даже во время высокой воды. Здесь можно было строить дома— деревянные и из пальмовых листьев, различные культовые сооружения. На фундаменты под отдельные, особо важные сооружения, равно как на их стены и кровли, тоже шли базальтовые балки. Самый большой остров Нан Мадола — Нандаувас — отличается особо мощными стенами, они вздымаются над коралловой засыпкой на пять-шесть, а местами и на семь с половиной метров, образуя неприступную крепость.
Почему Нан Мадол был построен на воде, а не на самом острове Понапе? Дело в том, что базальтовому обиталищу отводилась важная роль. Это был не просто город, не просто место жительства, а резиденция элиты понапейского общества и площадка для ритуальных церемоний. Здесь же хоронили знать, и души умерших, поселявшиеся среди базальтовых стен навсегда, как раз и обуславливали табу на посещение определенных мест Нан Мадола: осквернители святынь непременно обрекали себя на болезни, несчастья и даже смерть.
Островной город делился на две примерно равные части. Административным сектором служил Мадол Па — «нижний город», располагавшийся в западной половине Нан Мадола. Доступ сюда для простого люда был относительно свободный. А вот в Мадол Поув — «верхний город» — лучше было не соваться без надобности: здесь обитали жрецы.
Важную роль играл островок Идехд, расположенный в «верхнем городе». Здесь, окруженный двухметровой базальтовой стеной, находится неглубокий бассейн, вымощенный камнем, в котором жрецы держали Священного Угря. Раз в году на Идехде проходила торжественная церемония: верховный жрец искупал грехи своего народа. Для этого специальным образом готовилось блюдо из черепахи, а внутренности ее скармливались Священному Угрю. За столетия скопилась трехметровая куча черепашьих останков. С помощью радиоуглеродного метода датировки удалось установить, что нижний слой кучи образовался примерно в 1260 году, а средние слои приходятся на период 1300–1380 годов. Вывод из этого следующий: строительство Нан Мадола было в самом разгаре в начале XIII века нашей эры, и, разумеется, ни о каких Микронезидах и Пасифидах (в данном контексте) речи быть не может.
Все островки Нан Мадола имеют свои особенности, отличаясь друг от друга размерами, архитектурой стен, внутренним устройством; каждый островок носит свое имя: Доронг, Дапаху, Дау, Кондерек…