В 412 году место умершего Феофила на александрийском патриаршем престоле занял его племянник Кирилл, который имел не меньшие амбиции в достижении безраздельной власти, чем его предшественник, но превосходил его в искусстве интриги и в выборе неблаговидных средств для достижения своих целей. Следует заметить, что роль александрийского патриарха в то время в церковных делах была очень велика: александрийская церковь в первой половине V века (до Эфесского собора 449 года), в сущности, стояла во главе восточной церкви. И главной целью Кирилла в первые годы его правления было добиться власти над светским правителем Египта, императорским августалом — префектом, а также сделать Александрию исключительно христианским городом, для чего требовалось искоренить язычество, еще процветавшее в школах (в том числе и там, где Ипатия занимала свою кафедру), и изгнать из города евреев, которые исповедовали иудаизм и составляли значительную (и весьма богатую) часть населения.
Кирилл Александрийский был фанатичным тираном церкви, и Ипатия оказалась самой знаменитой из его жертв. Он ненавидел ее за славу, за ум, за красоту, за независимость, за тот свет, который она несла своим ученикам, за то влияние, которое она оказывала на всех образованных людей, за ее проповедь богопротивного учения, окрашенного проклятым церковью язычеством. Наконец, другом Ипатии был префект Орест, власть которого стояла поперек горла у самолюбивого патриарха.
Однако свой первый удар Кирилл решил нанести по иудеям. Для этого был использован религиозный фанатизм александрийских христиан из простонародья, ответственность за нужды которого патриарх возлагал на богатых евреев. Нужно заметить, что александрийская беднота (христиане в своем большинстве) была крайне возбудима и взрывоопасна, и это ее свойство нередко использовали власть имущие. «Александрийская чернь, — писал Сократ Схоластик, — любит возмущения больше всякой другой черни и, когда находится повод, устремляется к нестерпимым злодействам, ибо без крови не успокаивается от волнения». Эту особенность александрийцев и постарался использовать Кирилл, направив в театр, где по субботам собирались евреи, своих приверженцев. В их числе особо выделялся некий Иеракс, «учитель детских наук», один из наиболее пылких слушателей и почитателей Кирилла. Этот Иеракс вызвал возмущение иудеев, справедливо полагавших, что его присутствие повлечет возбуждение народа и может привести к столкновению. Ввиду того что во время театральных представлений эксцессы подобного рода уже случались, префект Орест установил в театре дежурство полиции и присутствовал сам. Зная, что Кирилл хотел иметь надзор за его действиями и что именно поэтому в театре оказались его сторонники, и понимая, что Иеракс готовит какую-то провокацию, Орест во избежание неприятностей приказал арестовать его.
Узнав об аресте Иеракса, Кирилл позвал к себе лидеров иудейской общины и, обвинив их во всевозможных грехах, пригрозил им всяческими бедами, настойчиво склоняя к тому, чтобы они покинули город. Вероятно, угрозы не возымели действия, и поэтому патриарх решился на гнусную провокацию. Ночью в Александрии раздались крики, будто горит главная церковь города. Многие выбежавшие на улицу христиане неожиданно подверглись нападению и были убиты. Кирилл объявил виновными в этой кровавой бойне иудеев, которые якобы именно таким образом ответили на предложение патриарха удалиться из Александрии.
Возбужденная толпа христиан под предводительством Кирилла двинулась к иудейским синагогам, громя по пути дома евреев. Синагоги были объявлены собственностью церкви, имущество евреев разграблено, а сами они изгнаны из города.
Орест был бессилен что-либо сделать и послал донесение о случившемся в Константинополь. Свою версию о происшедшем направил в столицу и Кирилл. Центральная власть, однако, предпочла не вмешиваться в александрийские дела. Императором Восточной Римской империи был в то время малолетний Феодосий II (408–450), но во главе правления стояла его старшая сестра Пульхерия. Она была столь фанатичной христианкой, что даже при своем дворе ввела монастырские порядки. Языческая интеллигенция в Константинополе находилась в оппозиции, Феодосий II всецело был под влиянием сестры, а Пульхерию вполне устраивала политика Кирилла по отношению к нехристианам в Александрии. Поэтому константинопольский двор остался глух к жалобам язычника Ореста на произвол христиан.
