Пока Феодора находилась на императорском троне, она управляла империей в такой же мере, как и Юстиниан, а возможно, даже и в большей. Все летописцы единогласно утверждали, что в важнейших делах она была сотрудницей императора и пользовалась таким же авторитетом, как и он. Юстиниан и сам признавал это.
В одном из его указов написано: «…посоветовавшись в этом случае еще раз с нашей преосвященнейшей супругой, которую Бог наш даровал…» Феодора же открыто заявляла о своем влиянии на Юстиниана. В одном из писем она подчеркивала: «…император никогда ничего не решает, не посоветовавшись со мной». Феодора вмешивалась решительно во все: в дела администрации, в дипломатию, в политику, в дела церкви. Причем она устраивала все так, как хотела. По своему усмотрению она назначала или подвергала опале военачальников и министров, по своему капризу она назначала или низлагала константинопольских патриархов и пап, она не знала меры в возвышении своих любимцев: банкира Петра Барсимеса она сделала начальником императорской стражи; евнуха Нарсеса произвела в высший военный чин; диакона Вигилия возвела в папы и т. д. Многие чиновники добивались ее благоволения, так как понимали, что высших должностей можно достичь только при ее покровительстве. Приказания Феодоры строго выполнялись по всей империи. И если они, что случалось нередко, противоречили воле императора, то все равно распоряжениям Феодоры отдавалось предпочтение.
Влияние императрицы сказалось на законодательной деятельности Юстиниана, особенно в той области, которая касалась положения беззащитных женщин, несчастных в замужестве, актрис. По всей вероятности, определенную роль в этом сыграли воспоминания о пережитом ею лично. Феодора прекрасно знала все трущобы Константинополя, знала, сколько в них горя и нищеты. Поэтому, как только она достигла власти, она воспользовалась своим влиянием, чтобы как-то облегчить положение женщин этой категории. Даже какое-то благородство звучит в словах указа, вдохновительницей которого была Феодора: «…мы возложили на судей обязанность наказывать убийц и воров, не должны ли мы с большим основанием наказывать убийц чести и похитителей целомудрия?»
Феодора проявила бескорыстную заботу и о тех несчастных девушках, которых довела до падежя скорее нужда, чем порок. Она основала для покаявшихся монастырь Метанойя на берегу Босфора в старинном императорском дворце. Чтобы освободить этих бедных девушек от «ига их позорного рабства», она обеспечила это благотворительное учреждение богатым вкладом. Феодора, помня свои молодые тяжелые годы, проявляла чувство жалости к бедным женщинам, особенно невольницам. Она их выкупала сотнями, а затем давала им убежище в монастырях. Она добилась издания закона, запрещавшего торговлю женщинами.
В законах, изданных против развода и супружеской неверности, проявлена забота Феодоры о сохранении института брака, «этого священнейшего из всех учреждений», и стремление всем внушить уважение «к этим законным и священным узам». Она была суровым стражем морали и стремилась улучшить нравы столицы.
Своенравная и властолюбивая Феодора, стремясь все приносить в жертву своей политике, иногда нескромно вмешивалась и в интимную жизнь своих подданных и устраивала браки с таким же деспотизмом, с каким распоряжалась в государственных делах. Так, заботясь о священных узах брака, Феодора расстроила роман одного из видных воинов империи с племянницей Юстиниана. Муж Прейекты, так звали принцессу, назначенный губернатором Византийской Африки, погиб во время мятежа, а молодая женщина попала во власть главы мятежников. Ее избавителем оказался очень смелый, энергичный воин, армянин по имени Артабан. В благодарность за спасение Прейекта обещала ему свою руку. Юстиниан, не возражавший против этого брака, осыпал спасителя почестями и чинами. Но тут всплыло непредвиденное обстоятельство. Оказывается, Артабан, будучи еще в Армении, женился, но давно расстался с женой и ничего о ней не слышал. Теперь она совершенно неожиданно оказалась в Константинополе и предъявила законные права супруги, найдя при этом сильную поддержку у Феодоры. Императрица оказалась непреклонной, поскольку были затронуты священные узы брака. Она заставила Артабана вернуться к жене, а Прей-екту выдала замуж за другого.
Феодора активно вмешивалась во внешнюю политику. Она вела, подчас без ведома императора, дипломатическую переписку, принимала иностранных послов, щедро одаривая их подарками. Послы знали об огромной власти Феодоры, поэтому, чтобы приобрести ее благосклонность, спешили в первую очередь по прибытии в Константинополь явиться к ней на поклон. Даже государи других стран, чтобы добиться расположения императрицы, льстили ее тщеславию и необузданной любви к власти.
