В военное время суда должны были превратиться в крейсера и вредить неприятельской морской торговле. Добровольный флот подчинялся военно-морскому министерству. Его комсостав состоял из числящихся в отпуску и «по флоту» морских офицеров, а команда — из опытных матросов различных специальностей.
Высокие фрахты, денежная помощь правительства и отсутствие конкурентов дали Добровольному флоту возможность быстро расти и развиваться. К началу двадцатого века он уже имел шесть прекрасных быстроходных крейсеров, восемь транспортов и два парохода специального назначения.
Крейсера обладали скоростью до двадцати, а транспорты — до тринадцати узлов, что было очень неплохо по тому времени.
Казалось, разразись война, и крейсера, взяв в свои трюмы полные запасы угля, поставив заранее приготовленное и спрятанное в отдельных трюмных отсеках артиллерийское и минное вооружение, бросятся на океанские торговые пути и терроризируют вражескую торговлю. Транспорты же, нагруженные углем, боеприпасами и провизией, заблаговременно выйдут на условленные места встреч и будут питать крейсера.
Но грянула русско-японская война, и бесталанные царские адмиралы обанкротились. Военная деятельность и помощь Добровольного флота оказалась более чем скромной.
Копилась война, и с нею кончилось существование того Добровольного флота, для создания которого жертвовались не только крупные суммы купцов, но и трудовые рубли населения. Идея коммерческих крейсеров, так блестяще оправдавшая себя через десять лет, в мировую империалистическую войну была признана неудачной и устаревшей. Из ведения морского министерства флот перешел в ведение министерства торговли и промышленности. Комитет был переименован в правление с сильной прослойкой чиновников.
Оставшиеся после русско-японской войны четыре парохода крейсерского типа правление Добровольного флота поставило на линию Либава — Нью-Йорк через Роттердам. Но за два года работы, имея всегда почти полный комплект пассажиров и полный груз, они дохода не давали. Своих агентов в Нью-Йорке и Роттердаме не имелось, а иностранные рвачи-комиссионеры получали такую львиную долю с заработка Добровольного флота, что остатков не хватало даже на содержание судов. Выручали только новые линии: экспрессные — между Владивостоком, японскими портами и Шанхаем — и товаро-пассажирские, обслуживавшие Камчатку, Сахалин и побережье Приморской области. Все эти линии субсидировались правительством.
Флотские офицеры были постепенно заменены моряками торгового флота, а в содержании старых и постройке новых судов начала преследоваться строгая экономия.
Ко времени мировой войны число пароходов Доброфлота перевалило уже за сорок. Правда, большинство новых судов были обыкновенными грузовиками с железными палубами и без всяких претензий на шик, но все-таки Доброфлот являлся солидным морским предприятием. Кроме пароходов, во многих русских и иностранных портах он имел ценное недвижимое имущество, не говоря уже о плавучих кранах, катерах и инвентаре. Во время войны лучшие «добровольцы», ранее ходившие на линии Одесса — Владивосток, были сданы в бессрочный чартер (аренду) англичанам и работали между портами Северной Англии, Мурманском и Архангельском. Несколько пароходов после закрытия турецких проливов застряло в Черном море. Остальная часть флота в числе двадцати трех единиц сконцентрировалась на Дальнем Востоке.
В самом начале войны экспресс шанхайской линии «Рязань» был захвачен германским крейсером «Эмден». Второй экспресс «Орел» был взят в военный флот и превращен в военно-учебное судно.
Третий экспресс «Полтава» наскочил на камни у Седельных островов и погиб.
С начала Великой Октябрьской социалистической революции правление Доброфлота, не пожелавшее подчиниться Советской власти, бежало из Петрограда в Одессу, оттуда перекочевало в Феодосию, затем в Константинополь. После падения Врангеля и крушения всех надежд белогвардейцев на восстановление старого режима оно перебралось в Париж.
За время между Октябрем и разгромом Колчака дальневосточный отдел Доброфлота, или, как он тогда назывался, Управление делами Добровольного флота на Дальнем Востоке, оставался самостоятельным.
От Москвы Владивосток был отрезан.