В 1914 г. Муратов начал издавать журнал «София», в котором сотрудничали и его друзья-италофилы Б. Зайцев, М. Осоргин, Б. Грифцов, М. Хусид и др. С началом войны призывается в действующую армию, служит офицером в гаубичной батарее на австрийском фронте; затем переводится на Кавказ. С весны 1915 г. отвечал за воздушную оборону Севастополя, военным комендантом которого был его брат.
После большевистской революции, весной 1918 г., Муратов, в противовес большевистскому официозу, становится одним из организаторов (с 1921 г. – председателем) Института итальянской культуры – «Studio Italiano», который просуществовал в Москве около пяти лет. (Его первым директором был Одоардо Кампо, гражданин Италии, живший с 1913 г. в Москве и работавший в библиотеке Румянцевского музея.) В институте, помимо самого Муратова и таких известных литераторов, как Осоргин и Зайцев, работали молодые преподаватели университета и сотрудники Музея изобразительных искусств – А. Габричевский, Б. Виппер, Н. Романов, А. Сидоров, М. Хусид, С. Шервинский. Лекции Института итальянской культуры проводились в аудиториях Университета Шанявского, во 2-м Московском государственном университете (бывших Высших женских курсах в Мерзляковском переулке, д.1/5), в Российской академии истории материальной культуры на Малой Никитской, 12.
Просветительская и общественная деятельность Муратова привлекла внимание властей. В августе 1921 г. он был арестован чекистами вместе со всей Комиссией помощи голодающим. В Лубянской тюрьме Муратов оказался в одной камере с Б. Зайцевым и М. Осоргиным.
Зайцев:
Для развлечения себя и других Муратов, Зайцев, Осоргин, другие заключенные читали в камере друг другу лекции об искусстве, литературе, истории.
В начале 1922 г. Муратов, как сотрудник отдела по делам музеев и охраны памятников искусства Наркомата просвещения, вместе с семьей выехал в заграничную командировку в Германию, из которой в Россию не вернулся. Осенью 1923 г. по приглашению итальянского слависта Э. Ло Гатто Муратов приехал в Италию для чтения лекций по русскому искусству. Вместе с женой Е. С. Грифцовой и сыном он поселился в Риме, где прожил на Via Babuino (около Piazza del Popolo) до 1927 г. Дочь поэта и философа В. И. Иванова (окончательно поселившегося в Риме в 1924 г.) Лидия Иванова с дружеской иронией писала о римском обиталище Муратова:
