Впрочем, Гиммлер не мог принуждать Керстена лечить себя только в первое время. Уже весной 1940 года рейхсфюрер буквально заточил его в Хартцвальде и отказал в визе для выезда в Голландию, где у Керстена оставались пациенты. Несколько дней спустя Гиммлер сообщил Керстену о вступлении германских войск в Голландию и объяснил, что визу ему не выдали, чтобы защитить от возможных последствий вторжения. И снова чиновники финского посольства убедили Керстена остаться в Германии, пустив в ход тот же аргумент: мол, его контакты с Гиммлером могли стать делом величайшей государственной важности.
Пятнадцатого мая 1940 года Керстен получил приказ прибыть в бронепоезд Гиммлера, чтобы обслуживать рейхсфюрера СС в качестве официального штабного врача. В поезде он также лечил секретаря Гиммлера Брандта и понемногу обзавелся широкими связями и полезными знакомствами среди сотрудников гиммлеровского штаба, которыми впоследствии с успехом пользовался. Но начиная с лета 1940 года и до осени 1943-го (все это время Керстен с разрешения Гиммлера жил в Стокгольме) он оставался в полном распоряжении рейхсфюрера СС, хотя во время своих приездов в Германию ему доводилось лечить и других пациентов. Гиммлер потребовал также, чтобы Керстен отказался от дома и контактов в Гааге, а его профессиональные услуги неожиданно стали одним из пунктов в договоре Гиммлера и Чиано, в результате чего Керстен получил право пользоваться личным почтовым каналом рейхсфюрера СС для частной корреспонденции. Существует мнение, будто Керстен выпросил у Гиммлера эту привилегию, чтобы устраивать свои любовные делишки, однако в действительности он использовал этот канал для связи со своими тайными друзьями в Голландии.
В августе 1940 года Керстен впервые добился освобождения узника концлагеря. (Это был один из слуг Ростерга, пострадавший исключительно по политическим мотивам.) Несколько позднее – с помощью одного телефонного звонка Гиммлеру – он организовал освобождение другого человека – своего друга антиквара Бигнеля, нуждавшегося в срочном лечении. Как видим, Керстен быстро научился льстить Гиммлеру и пользоваться тем, что он может принести ему облегчение. Просьбы эти постепенно стали привычными; как говорил сам Гиммлер: «Керстен на каждом сеансе массажа вытягивает у меня чью-то жизнь». Однако Гейдрих и другие руководители СС относились к Керстену довольно ревниво; положение, когда какой-то посторонний человек имел возможность влиять на Гиммлера, им очень не нравилось. От ареста и допросов в гестапо Керстена спасало лишь то, что он пользовался особым расположением рейхсфюрера СС, так как Гейдрих до конца жизни относился к нему с подозрением.
Несмотря на множество других важных дел, Гиммлер продолжал со рвением заниматься концентрационными лагерями, которые по-прежнему были подчинены непосредственно ему. По данным Когона, в начале войны их было уже более сотни, не считая многочисленных филиалов, однако образцом для всех по-прежнему оставался лагерь в Дахау. Другими крупными лагерями были Бухенвальд, Заксенхаузен, Гросс-Розен, Флоссенбург, женский лагерь Равенсбрюк и Маутхаузен (в Австрии). В разгар боевых действий существовало около тридцати основных лагерей; в некоторых из них режим номинально считался более строгим, чем в других. Сразу после начала войны на оккупированных территориях тоже стали создаваться новые лагеря – такие, например, как Освенцим (Аушвиц) и Люблин в Польше, Натцвайлер в Восточной Франции, в то время как другие – например Берген-Бельзен – открывались в Германии. По оценке Когона, в период войны во всех лагерях содержалось одновременно около миллиона человек, причем число это колебалось в сторону уменьшения или увеличения по мере того, как машина истребления ускоряла или замедляла свою работу.
Дисциплина в лагерях постоянно ужесточалась. Хёсс все еще служил в Заксенхаузене, когда в январе 1940 года Гиммлер нанес туда неожиданный визит. Он с горечью констатировал, что работающие заключенные и охранники не узнали его и не салютовали, когда он проезжал мимо в своей машине. В результате Хёсс был снят со своего поста, однако всего лишь полгода спустя – в июне 1940 года – он стал комендантом нового лагеря в Освенциме.
Жизнь содержавшихся в лагерях мужчин и женщин практически зависела от воли только одного человека – рейхсфюрера СС, что обусловило почти немедленное возобновление программы экспериментов над людьми, которые хотя и осуществлялись в сравнительно меньших масштабах, были ничуть не менее ужасными, чем массовые казни. То, что в этом кошмаре принимало активное участие около трехсот пятидесяти квалифицированных врачей (один врач из каждых трехсот, практиковавших тогда в Германии), представляется даже более ужасным, чем назначение бывшего преступника Хёсса комендантом Освенцима, где он показывал пример дисциплины и трудолюбия, открывая и закрывая вентили газовых камер.