В конце 1888 г. Шлиман направляется на южный Пелопоннес, где безуспешно ищет в Пилосе дворец одного из участников Троянской войны — царя Нестора. Он уже бывал в этих местах в 1874 г. в поисках «пещеры Нестора» на крутом холме акрополя Корифазиона возле Наваринской бухты. Там, в пещере, впервые на западном побережье он нашел черепки «так называемого микенского типа». Но Шлиман не обнаружил в Пилосе царских могил. Не удалось ему найти и место, где стоял дворец. Лишь строительство дорог, начавшееся в тех местах в год смерти Шлимана, подскажет, где искать. В 1912 и 1926 гг. будут обнаружены гробницы-толосы, а позднее, в 1939 г., и сам дворец.
Идя по стопам гомеровских героев, Шлиман исследовал долину Эвротаса в Спарте, пытаясь отыскать дворец Менелая и Елены и их гробницу. Вновь испытавший разочарование, он заявил, что здесь нет следов бронзового века. Но всего через несколько месяцев их найдет греческий археолог Цунтас (исследовавший Микены вслед за Шлиманом). Отыщут и остатки дворца всего в ста ярдах от гробницы, а находки 70-х гг. позволят установить, что именно здесь, в главном дворце Лаконии, могла жить и Елена, если она действительно существовала.
Растущая армия советчиков предлагала Шлиману все новые места для раскопок. Возможно, самым интересным в свете будущих открытий было предложение английского ученого Боскоена, изучавшего хеттские надписи — область науки, тогда совершенно новая. Он писал Шлиману в 1881 г.: «Мы часто выражали желание, чтобы однажды Вы бросили свой благосклонный взгляд на доэллинские остатки в Малой Азии, особенно на те, что находятся в Богазкее и [Алача]-уюке на реке Галис». Но взор Шлимана был устремлен на Крит. Там он надеялся сделать свое главное открытие.
Многие ученые того времени считали, что Крит может оказаться связующим звеном между Эгейским миром и великими цивилизациями Ближнего Востока. Для Шлимана попытки получить разрешение на раскопки на Крите стали предметом его постоянных усилий в последние 10 лет жизни. «Мои дни сочтены, — писал он еще в 1883 г., — и я страстно желаю исследовать Крит, прежде чем уйду». Его коллега Вирхов соглашался: «Никакое другое место неспособно оказаться пересадочным пунктом на пути между Микенами и Востоком». Поэтому таким волнующим для него самого оказался визит Шлимана в Кносс весной 1886 г. Легенда гласит, что при высадке на берег Шлиман шокировал местных жителей тем, что упал на колени и произнес благодарственную молитву Зевсу Диктейскому!
Раскопки на Кноссе уже проводились в 1878 г. местным энтузиастом по имени Минос Калокеринос. Шлиман знал о его работах, поскольку отчеты о них были опубликованы и вызвали значительный интерес. Калокеринос показал Шлиману свои находки, а затем проводил на место раскопок. Увиденное поразило Шлимана, 22 мая 1886 г. он пишет своему другу Максу Мюллеру:
Шлиман решил копать здесь:
