Между тем средства, выделенные на экспедицию, были весьма ограниченны. Вот как сам Линней описывал себя и свое обмундирование в момент отъезда: «Я покинул Упсалу 12 мая 1732 года, это была пятница, одиннадцать часов. Мне было всего 25 лет. Моей одеждой был короткий кафтан из сукна, без складок, с небольшими обшлагами и воротником из тюленьей кожи, кожаные штаны, парик с косичкой, прочная зеленая шапка и высокие сапоги на ногах. Небольшой мешок, 22 дюймов длиной и немного меньше в ширину, из дубленой кожи; на одной стороне в нем была плотная связка книг, на другой положена одна рубашка, две пары манжет, два ночных колпака, чернильница, ящичек для перьев, микроскоп, маленький телескоп и сетка для защиты от комаров, довольно много нарезанной бумаги для закладки растений в размер листа, гребенка, орнитология, "Flora Uplandica" и "Characteres Generici". Кинжал висел на моем боку и маленькое охотничье ружье у бедра на седле. У меня была еще восьмигранная трость, на которой были вырезаны меры длины. В моем кармане лежали бумажник с паспортом от губернатора Упсалы и открытое рекомендательное письмо от Королевского научного общества».
Как видно, в путешествие Линней отправился верхом. Но, как выяснилось впоследствии, это был еще сравнительно комфортный способ перемещения. В горной части Лапландии исследователю пришлось передвигаться преимущественно пешком. Всего путешествие длилось 4 месяца. Путь проходил по восточным провинциям страны вдоль Ботнического залива и дальше на север в горы пограничной норвежской Лапландии. Затем исследователь вернулся к Ботническому заливу, проехал по провинции Лулео, снова отправился на север через Лапландию и достиг в конце концов Северного моря. В начале сентября Линней прибыл в Торнео, проехал на юг Финляндии вдоль восточного берега Ботнического залива. Отсюда доплыл до шведского берега и 10 сентября 1732 года вернулся в Упсалу.
В дороге Линнею пришлось столкнуться с многочисленными трудностями. Он преодолевал бездорожье, питался хлебом, оленьим молоком и сушеной рыбой, страдал от непогоды и москитов. Тем не менее, исследователь сделал все, чтобы научные цели экспедиции были достигнуты. И его усилия не пропали даром. Путевые дневники Линнея, впрочем, были опубликованы только в 1913 году. Их издатель Фриз писал, что с точки зрения результатов это путешествие были важнейшим из всех, которые были предприняты в стране.
Однако по приезду Линнея ждало жестокое разочарование. Краткий отчет об экспедиции, который содержал 206 самых важных наблюдений о флоре, фауне, минералогии и быте жителей Лапландии, не был напечатан Упсальским научным обществом. В декабре Линней подал письменный доклад, содержащий сведения о трех важных наблюдениях. Этот доклад также не вызвал интереса в Обществе, хотя, казалось бы, содержал очень важные сведения: одно из сообщений объясняло причины падежа скота. Только работа «Краткая Лапландская флора» была напечатана. Продолжение этой работы было издано только через три года. Интересно, что уже в ней Линней располагал виды в порядке, предусмотренном его системой.
Отсюда можно заключить, что уже к этому времени он продумал основу своей систематики растительного мира.
Линней продолжал работать над анализом собранной в экспедиции информации. Он писал более подробную книгу «Флора Лапландии». Несмотря на скудный бюджет экспедиции, Линней смог сэкономить небольшую сумму, на которую он и жил первое время после возвращения. Но эти деньги быстро закончились, и молодой ученый опять стал испытывать острую нужду. В отчаянии он написал администрации университета письмо, в котором были также слова: «В течение всего времени, первоначально в Лунде, а затем здесь, я с величайшим трудом содержал себя, и теперь у меня нет никакой возможности оставаться в университете, так как у меня нет никого, кто бы мог поддержать меня, а небольшая королевская стипендия окончилась.
Начальство было не очень довольно тоном письма, но на призыв о помощи откликнулось, и Линней получил какую-то материальную поддержку. В 1733 году Карл, чтобы поправить свое материальное положение, начал читать лекции по пробирному делу — качественным и количественным исследованиям руд. Удивительно, но Линней смог полноценно преподавать, хотя с предметом ознакомился за срок в 8 дней во время экспедиции. Более того, хотя его лекции были платными, они собирали достаточно слушателей. Вскоре Карл даже написал небольшое руководство по пробирному делу. При этом он продолжал быть студентом и сам, хотя и не очень регулярно, обучался медицине.
Вместе с этим Линней продолжал активную научную работу. Представление об исключительной широте интересов молодого исследователя можно получить из письма, написанного им в 1733 году. Здесь перечислены основные работы, которыми он занимался:
«Как плоды я могу показать рукописные тома, подготовленные моим собственным разумом, таковы:
