Весной 1790 года секунд-майор вместе со своим шефом принцем Ангальтом отправился в Финляндию и принял участие в русско-шведской войне 1788—1790 годов. Здесь, при штурме деревни Керникоски (19 апреля), ему довелось вынести из боя смертельно раненного шефа и принять его последнюю волю. Перед своей кончиной принц Ангальт подарил Барклаю свою шпагу.
В кампании 1790 года Барклай был произведен в чин премьер-майора и переведен в Тобольский полк, а через год – в Санкт-Петербургский гренадерский полк, находившийся в стадии формирования.
В апреле следующего года при первом известии о начале боевых действий в Польше Санкт-Петербургский гренадерский полк был направлен сначала в Вильно, а затем в Гродно, где взял под свою охрану ставку польского короля Станислава-Августа. Летом гренадеры вместе с другими полками двинулись к Вильно, захваченному польскими мятежниками. 28 июля начался штурм города. За отличие при взятии Вильно Барклай был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени. За храбрость при штурме предместья Варшавы – Праги он был произведен в подполковники и в декабре вернулся в Гродно на должность командира батальона Эстляндского егерского корпуса.
В мае 1797 года батальон, которым командовал Барклай, был преобразован в 4-й егерский полк. На следующий год Барклай-де-Толли был произведен в полковники, а 24 мая 1799 года получил чин генерал-майора российских войск.
В начале кампании 1805 года полк Барклая-де-Толли входил во 2-ю армию Беннигсена, которая должна была двинуться для содействия главным силам союзников. Но по пути следования через Пруссию армию настигло известие о разгроме союзников при Аустерлице и о развале Третьей коалиции. Это привело к временной остановке боевых действий.
В сентябре 1806 года возникла Четвертая коалиция. В результате поражения прусской армии при Йене и Ауэрштадте главную роль в предстоящей кампании должна была играть армия Беннигсена, насчитывавшая 70 тысяч человек и 300 орудий. Полк Барклая был назначен в авангард.
Первое сражение кампании 1806—1807 годов произошло под Пултуском. Барклай лично водил своих егерей в контратаки, в ходе которых натиск французов был отбит на всех направлениях. За храбрость Барклай-де-Толли получил орден Св. Георгия 3-й степени.
На рассвете 25 января отряд Барклая подошел к Прейсиш-Эйлау. Здесь 26 января в 12 часов началось сражение. Бои шли на самих улицах города. Барклай лично повел в контратаку два гусарских полка, но в разгар боя был ранен артиллерийской гранатой, раздробившей ему руку. Вынесенный с боя он был отправлен для излечения в Кенигсберг, а затем далее в Мемель (Клайпеда). Здесь его дважды посетил император Александр I, и во время бесед Барклай изложил ему свое видение будущей войны с Наполеоном. Император наградил Барклая-де-Толли орденом Св. Анны 1-й и Владимира 2-й степеней, а 4-му егерскому полку за боевые успехи были пожалованы серебряные трубы.
Следующей военной кампанией для Михаила Богдановича стала русско-шведская война 1808—1809 годов. В мае 1808 года его корпус получили приказ двигаться в провинцию Саволакс. Под его командованием находилось пять пехотных и один кавалерийский полка, с тремя эскадронами драгун и тремя казачьими сотнями и ротой гвардейской артиллерии. Финны – уроженцы этих мест – сумели под командованием полковника (впоследствии – генерала) Ю. Сандельса организовать мощное партизанское движение, используя чрезвычайно выгодные условия местности. Барклай впервые столкнулся с тактикой, которую ему доведется применить в недалеком будущем.
7 июня корпусу Барклая удалось достичь Куопио, за которым находилось окруженное болотами озеро Калавеси. Совершив четыре трудных перехода, войска Барклая-де-Толли остановились у Рауталамби, где было получено известие об атаке постов у Куопио. Пришлось возвращаться с частью войск на помощь. Он подошел к Куопио в тот момент, когда Сандельс под покровом ночной темноты и тумана начал новую атаку города с трех сторон. Лишь на рассвете штурм города был отражен.
Осенью русские войска полностью захватили Финляндию, хотя до заключения мира было еще далеко. К зиме 1808/09 года в руководстве армии возобладала идея о том, что победить Швецию можно лишь высадившись на ее берег и создав угрозу ее столице.