Наступать предполагалось тремя корпусами. Барклай-де-Толли получил под командование Вазский корпус. Его войска проходили Ботнический залив в общем направлении на Умео на соединение с войсками графа Шувалова. Император прислал в Финляндию военного министра А.А. Аракчеева, предоставив ему самые широкие полномочия. Михаил Богданович не считал свои войска готовыми к началу военных действий – ощущалась острая нехватка личного состава, мало было пороха и патронов, а некоторые части еще не успели прийти в Вазу. Но переход корпуса через залив начался 7 марта 1809 года. Сам Барклай находился во втором эшелоне и делил тяготы похода со всеми его участниками. Солдаты шли через ледяные глыбы, нагроможденные одна на другую. Укрываться от снежных бурь было негде, поскольку на пустынных гранитных островах не было ничего живого. К утру 9 марта измученные солдаты достигли шведских берегов и вскоре подошли к Умео, куда уже прибыли пикеты казаков из русского авангарда. Город был сдан без боя – шведские войска покинули его, и вслед за ними в Умео вступили войска Вазского корпуса.
8 это время в Стокгольме произошел государственный переворот, в результате которого король Густав IV Адольф был свергнут с престола. Новый монарх сразу же высказался за заключение мира с Россией при условии, что русские войска покинут шведские берега.
15 марта войска Вазского корпуса двинулись в обратный путь. Все участники перехода через Ботнический залив были награждены особой медалью «За переход на шведский берег». Барклай-де-Толли получил орден Св. Александра Невского и чин генерала от инфантерии.
29 мая 1809 года Барклай-де-Толли был назначен главнокомандующим Финляндской армией и генерал-губернатором Финляндии, заняв один из самых ответственных постов в Российском государстве.
Между тем военные действия не прекращались, но велись они уже на территории самой Швеции. В кампании 1809 года Барклай-де-Толли предоставил своим подчиненным большую инициативу, отдавая им лишь общие указания. А 5 сентября 1809 года мирный договор был подписан. К России отошла территория Финляндии и Аландские острова. Северо-западные рубежи государства были надежно укреплены.
В конце декабря Барклай был вызван в Петербург, где его ожидало новое назначение. По предложению графа Аракчеева он получил пост военного министра. Под непосредственным руководством Барклая в кратчайший срок были разработаны «Уложения для управления Большой действующей армии» и «Учреждение военного министерства». Все эти документы были 27 января 1812 года утверждены Александром I. По предложению Барклая было принято решение образовать на западных границах России 1-ю и 2-ю армии. Командование 1-й армией – самой большой из них – император решил возложить на генерала от инфантерии Барклая-де-Толли. Армия прикрывала значительную полосу, протяженностью около 250 верст. Штаб армии находился в Вильно.
2-я армия князя Багратиона насчитывала 45 тысяч человек. На Волыни формировалась 3-я Обсервационная армия под командованием генерала А.П. Тормасова, и на Дунае находилась 4-я армия под командованием адмирала П.В. Чичагова, которая фактически также должна была действовать против Австрии, нанося удары на Балканы и Венгрию. Успех ее действий во многом зависел от результатов войны с Турцией.
К маю 1812 года Наполеон закончил стратегическое развертывание своей Великой армии против России. Великая армия перешла Неман – Александр I и Барклай-де-Толли подписали приказы к войскам о начале войны.
Император приказал составить план отхода войск 1-й и 2-й армий. Все, что не могло быть вывезено, подлежало уничтожению. Барклай не выходил из Вильно, собирая сведения о подходе к ней наполеоновских войск, и только 16 июня оставил город, приказав князю Багратиону отступать по дороге на Минск.
Армия князя Багратиона, обложенная со всех сторон французскими корпусами, уходила на юго-восток. Ожидаемой встречи между обеими армиями в районе Минска не произошло. Первоначальный план русского командования стал невыполним.
Утром 7 июля Александр I, которого приближенные наконец уговорили покинуть армию и вернуться в столицу для общего руководства страной, поручил Барклаю как военному министру общее командование войсками 1-й и 2-й армий.