Еще три года, и мы видим Шувалова на должности генерал-губернатора Остзейского края (Лифляндия, Эстляндия, Курляндия) и командующего войсками Рижского военного округа. Работа здесь требовала не только опыта, но и дипломатических способностей, так как любой генерал-губернатор этого края сталкивается с большим количеством проблем. Вот некоторые из них: окончательное и прочное объединение Остзейского края с Россией; готовность и принятие мер в случае политических столкновений на западной границе; предотвращение волнений в среде немецкого населения края и другие. Никаких особых нововведений Шувалов не привнес. Ему удавалось сохранять не только спокойствие в крае, но и продемонстрировать особую энергию и активность. Все свои распоряжения он сопровождал массой подробных предписаний. Он строго пресекал любое проявление сепаратизма, не допускал расширения прав местного дворянства, поддерживал деятельность Православной церкви в крае. Все конкретные дела глава краевой администрации старался решать мягко, используя тактику компромисса, и местные жители были довольны разумностью губернаторских решений. Конечно, были и трудности, но главной из них стала боязнь Шувалова сделать что-нибудь такое, что могло не понравиться монарху и двору, так как из этой должности граф решил извлечь максимальный политический капитал для дальнейшего пути вверх по ступеням власти.
Энергия генерал-губернатора была достойно оценена императором, а политические противники графа почувствовали беспокойство от усиления его позиций.
Наступает 1866 год. Граф Шувалов отмечает свое 39-летие и достигает зенита славы. После неудачного покушения Дмитрия Каракозова на императора Шувалов назначается на пост шефа жандармов и главного начальника III отделения. Пребывание на этой должности явилось временем наиболее сильного его влияния на внутреннюю политику. Почти восемь лет он являлся ближайшим советником императора и был наделен широкими, почти диктаторскими полномочиями. Постоянный противник графа Шувалова, бывший военный министр Д.А. Милютин писал, объясняя причины такого влияния: «Все делается под исключительным влиянием гр. Шувалова, который запугал государя ежедневными своими докладами о страшных опасностях, которым будто бы подвергаются и государство, и лично сам государь. Вся сила Шувалова опирается на это пугало. Под предлогом сохранения личности государя и монархии гр. Шувалов вмешивается во все дела, и по его наушничеству решаются все вопросы».
Петр Андреевич рекомендовал на посты министров внутренних дел и юстиции своих сторонников, таких же противников реформ, каким был и сам. Он стремился проникать в различные сферы государственной деятельности, сплотить вокруг себя «партию» единомышленников, придерживающихся жесткого консервативного курса. И это ему удалось.
Либералы не уставали критиковать деятельность графа Шувалова. Много говорилось о политике репрессий, проводимой шефом жандармов. Но обратимся к статистике: за последние четыре года деятельности Шувалова на этом посту было проведено 10 политических процессов, а за последующие четыре года – 46.
