Но в лице герцога Виктора Амедея, не обладавшего необходимыми способностями для лидера, Евгений нередко встречал помеху своим планам. При Стаффорде в 1690 году Виктор Амедей, вступив в бой с французами, едва не был разбит и спасен лишь благодаря храбрости и распорядительности Евгения Савойского. Такая же ситуация повторилась и в сражении при Марсалии.
В июле 1691 года Евгений Савойский после упорного боя вынудил французов снять осаду крепости Кони и отступить за реку По. В следующем году Евгений добился разрешения начать вторжение в Дофинэ и Прованс, тем самым поставив французские войска перед угрозой поражения, что имело бы серьезные последствия и для самой Франции. Он уже овладел несколькими пограничными крепостями, как внезапно герцог Виктор Амедей опасно заболел, и наступление союзного авангарда было остановлено. В 1693 году за победы в Италии Евгений Савойский был произведен в фельдмаршалы, что было огромным достижением для 30-летнего иностранца, не имеющего ни денег, ни могущественных покровителей. Эта война также дала Евгению ценный военный опыт. Уже в то время его раздражало постоянное применение осады осторожными итальянскими генералами, которым он стремился доказать, и небезуспешно, что только в движении и неожиданных нападениях таится ключ к победе.
Теперь военная репутация Евгения Савойского была так высока, что сам Людовик XIV начал звать его на свою службу, предлагая звание маршала, наместничество в Шампани и 20 тысяч ливров содержания. Однако Евгений твердо ответил, что в деньгах не нуждается.
В 1697 году он вновь был послан действовать против турок в Венгрию. Он был назначен Верховным главнокомандующим. Это была первая кампания, в которой Евгений действовал самостоятельно и свободно. Главной его победой в этой кампании стал разгром турецких войск под Зентой. Прибыв к войскам, он нашел их в крайне бедственном положении. За несколько недель он сумел привести армию в порядок и поднять ее боевой дух. Подойдя с войсками 11 сентября 1697 года к реке Зенте, Евгений Савойский обнаружил построенный турками мост для переброски войск в Трансильванию. К тому моменту часть турецкого войска уже сумела переправиться, а к Евгению прибыл курьер с императорской депешей, в которой ему запрещались решительные действия и предлагалось ограничиться обороной. Однако принц, догадываясь, какой приказ содержится в пакете, не вскрыл его. Понимая, что медлить нельзя, он совершенно неожиданно для турок напал на их лагерь и, применив двойной охват противника, сумел прижать его к реке. После продолжительного боя австрийские войска уничтожили 20 тысяч турок, и еще 10 тысяч в панике бежали к реке, при переправе через которую многие утонули. Потери армии Евгения Савойского составили 300 человек убитыми и 200 ранеными.
За нарушение приказа председатель гофкригсрата генерал Капрара, поддавшись внушениям завистников и личной вражде к Евгению, настаивал на предании его военному суду. Однако, учитывая общественное мнение и то, что победителя не судят, император Леопольд не только не осудил принца, но и поставил его во главе армии в Венгрии, даровав полную независимость от гофкригсрата.
После победы при Зенте Евгений Савойский повернул армию на юг, совершив набег на Боснию и отвоевав Сараево. Его дальнейшие военные успехи способствовали заключению в 1699 году выгодного для Австрии Карловицкого мира, в результате которого в состав империи вошли большая часть Венгрии, Хорватия, Трансильвания и почти вся Словакия. В Вену Евгений вернулся героем. Кроме славы, он заимел еще и врагов, которые завидовали его военным удачам.
Война за испанское наследство (1701–1714) стала высшим достижением полководческого искусства Евгения Савойского. Ему пришлось воевать с самыми разными противниками, быть союзником или врагом большинства крупнейших полководцев того времени.
Начало кампании 1701 года ознаменовалось труднейшим переходом 30-тысячной армии Евгения Савойского через Тридентские (Тирольские) Альпы. Фактически армия Евгения Савойского первой открыла военные действия, в то время как армии остальных стран лишь готовились к ним. Его войска сосредоточились в Тироле, делая вид, что готовятся отсюда перейти в наступление. В ответ на это французская армия под командованием Катины заняла позицию в ущелье Риволи с целью не допустить продвижения австрийцев. Но Евгений, произведя тайную разведку труднопроходимого перевала в горах, в течение долгого времени не использовавшегося войсками, преодолел его и вышел на равнину, совершив глубокий обход к востоку. Наращивая полученное таким образом преимущество дальнейшими маневрами, которые часто вводили противника в заблуждение относительно его намерений, Евгений Савойский вовлек французов в гибельное для них наступление в районе Чиари (вблизи Брешии). Это привело к полному отступлению французов из Северной Италии, занятой австрийскими войсками.
