Волна погромов прокатилась по всей Франции. Погибли десятки тысяч человек. Чтобы спасти свою жизнь, Генриху Бурбону пришлось принять католичество. Три года оставался Генрих Бурбон в плену при королевском дворе.
При первой же возможности он бежал на юг страны, снова принял протестантизм и возглавил гугенотов. Началась гражданская война. В это время (в 1589 году) от руки монаха Ж. Клемана — приверженца Гизов — погиб последний король из династии Валуа Генрих III. Наследником французского престола мог стать Генрих Бурбон. Поднявшиеся народные волнения, для подавления которых требовалась сильная центральная власть, вынудили борющиеся между собой группировки дворянства и буржуазии пойти на компромисс, и это сделало возможным вступление Генриха IV на престол. В 1593 году Генрих IV принял католичество, это помогло ему в 1594 году вступить в Париж.
Когда Генрих принимал католичество, он сказал ставшие впоследствии крылатыми слова. «Париж стоит мессы».
Так Генрих IV Бурбон стал французским королем и основателем новой, последней в истории Франции королевской династии Бурбонов.
В 1598 году Генрих IV издал Нантский эдикт, признававший католицизм государственной религией, но предоставивший гугенотам политические права наравне с католиками и свободу вероисповедания. Его правление — это период укрепления французского абсолютизма, продолженного его преемниками — Людовиком XIII и особенно Людовиком XIV. Генрих IV ни разу не созывал Генеральные штаты.
Жестокое подавление крестьянских восстаний он сочетал с более гибкими мерами, имевшими целью восстановить разоренное войной хозяйство крестьянина. Он отменил феодальное право охоты, запретил отнимать у крестьянина за долги орудия труда и скот, провел некоторое снижение прямого налога (тальи).
Генрих IV Бурбон имел несомненные заслуги перед Францией. Он был осторожным и ловким политиком, боролся за государственную целостность и независимость, изгнал иноземцев, добился мира в стране, способствовал развитию ремесел, торговли. В интересах развития мануфактур он запретил ввоз ряда товаров и вывоз сырья — шелка и шерсти. При Генрихе IV была окончательно оформлена система продажи должностей (в 1604 году был введен особый налог «полетта» — плата за право передачи должностей по наследству). Король утвердил абсолютизм, который в XVI веке, во времена кровопролитных войн, был спасением для страны.
Во внешней политике Генрих придерживался антигабсбургской ориентации, но не успел начать задуманную им войну с Габсбургами.
После развода со своей первой женой Маргаритой Генрих IV женился на Марии Медичи, происходившей из рода тех же Медичи, что и первая теща короля — Екатерина. Маргарита стала знаменита благодаря роману Александра Дюма «Королева Марго». Она прославилась своими любовными похождениями. После себя она оставила многочисленные письма и воспоминания.
Мария Медичи родила Генриху сына — будущего короля Людовика XIII. В 1610 году Генрих IV был заколот кинжалом на парижской улице фанатиком-католиком Равальяком. По мнению многих историков, именно Мария Медичи организовала заговор против своего мужа, и его убили по ее приказанию.
После смерти Генриха IV правительницей Франции стала Мария Медичи. Главой королевского совета и личным советником Марии Медичи был молодой епископ по имени Арман Жан дю Плесси Ришельє. Вначале молодой король Людовик XIII, стремившийся к самостоятельному правлению, с помощью верных придворных отстранил королеву-мать и ее преданного помощника от руководства страной. Но спустя некоторое время, благодаря своим умелым действиям, Ришельє смог полностью подчинить Людовика XIII своему влиянию и получил должность первого министра и сан кардинала.
Оставшаяся не у дел Мария Медичи попыталась поссорить сына с кардиналом, восстановить против него жену короля Анну Австрийскую, но безуспешно. Тогда Мария Медичи бежала в Брюссель, собрала армию и открыто выступила против правительственных войск. Ришельє и на этот раз одержал победу. Мятежников разгромили, а командующий войсками Марии Медичи герцог Монморанси попал в плен и был казнен.
Пользуясь влиянием на Людовика XIII, кардинал Ришельє стал фактически правителем Франции. Почти двадцать лет он умело руководил страной и постепенно сделал ее одним из сильнейших государств Европы.
Он укрепил королевскую власть, подавил всех своих политических противников при дворе и окончательно разгромил французских гугенотов, взяв штурмом их последний оплот — крепость Ла-Рошель.