С 1821 года Бопп являлся профессором восточной литературы и общего языкознания в Берлинском университете, а с 1822 года состоял членом Берлинской академии наук. В 1864 году он перенес инсульт, после чего прекратил преподавательскую деятельность. Франц Бопп умер 23 октября 1867 года в Берлине. Он был удостоен высшего прусского ордена Pour le Mérite (1842) за заслуги в науке и искусстве. Британский лингвист Рассел Мартино (1831–1898) писал в некрологе «Исследования Боппа по санскриту и публикации на санскрите являются прочным фундаментом, на котором была построена его система сравнительной грамматики, без которой она не могла бы быть совершенной. Для этой цели требовалось гораздо больше, чем простое словарное знание санскрита. Сходство, которое он обнаружил между санскритом и родственными западными языками, существовало в синтаксисе, сочетании слов в предложении и в различных приемах, которые могло выявить только фактическое чтение литературы, гораздо большее, чем в простом словаре. Как специалист по сравнительной грамматике он был гораздо больше, чем простой знаток санскрита…[и все же] несомненно, он сделал грамматику санскрита, бывшую лабиринтом индийских тонкостей, такой же простой и привлекательной, как греческая или латинская, ввел изучение более простых произведений санскритской литературы и подготовил (лично или по своим книгам) учеников, которые могли продвинуться намного дальше, проникнуть даже в самые запутанные разделы литературы и сделать Веды понятными для широкой публики».
