Летом 1869 г. «Русалка» ударилась о подводный камень и получила пробоину справа по носу; ей грозило затопление, так как 9-дюймовая помпа едва справлялась с откачкой воды. Удалось «приткнуть» корабль носом к берегу, что тогда в конечном итоге его и спасло. Плававший на броненосце мичман С. О. Макаров некоторое время спустя явился к вице-адмиралу Г. И. Бутакову с рукописью труда «Броненосная лодка «Русалка» (исследование плавучести лодки и средства, предлагаемые для ее усиления)». Прежде он побывал у адмирала А. А. Попова, но тот, известный себялюбец, на талантливого «выскочку» только рукой махнул. А ведь Макаров предлагал интереснейшие идеи: изготовлять «пластырь» из просмоленного паруса для пробоины не тогда, когда она уже получена, а заблаговременно, и заодно предложил его новую конструкцию. Памятуя о том, как при аварии в отсеках «Русалки» поочередно искали поднявшуюся воду, он предложил установить свистящие водомерные трубки в каждом из них, а на палубах установить люки с водонепроницаемыми крышками. Составил таблицу «непотопляемости» броненосца, которая, если все предлагаемые им меры были бы приняты, давала «Русалке» без роковых последствий выдержать 12 таранных ударов ниже ватерлинии! Расписал систему нумерования отсеков и опознавательных знаков для них, инструкции по очередности их затопления или осушения для избежания рокового крена. Также, обратив внимание на недостаточность работы водоотливной помпы, он отметил, что вполне можно было бы для откачки воды использовать мощные помпы машинного отделения, если б их можно было соединить с пострадавшим отсеком. Это следовало обеспечить разработанной автором системой «магистральных труб». Бутаков, всегда славившийся глубиной ума и отсутствием бюрократического таланта заедания инициативных подчиненных, немедленно рекомендовал публикацию труда Макарова в «Морском сборнике» и распорядился опробовать новинки мичмана на деле. Водоотливную систему применили при строительстве броненосца «Крейсер» (будущем «Петре Великом»), а пластырь с успехом опробовали при заделке пробоины на пароходе «Ильмень» летом 1870 г. По представлению вице-адмирала мичман был досрочно произведен в лейтенанты и получил премию в 200 рублей. Довольный Бутаков 17 марта 1873 г. издал приказ: «На судах броненосной эскадры в 1870 г. было 3 пластыря лейтенанта Макарова, а с 1871 г. все суда снабжаются ими… Польза всегда готового способа закрыть внезапную пробоину на всяком судне очевидна, и доселе нет для этого лучшего средства, как упомянутый пластырь лейтенанта Макарова». В октябре 1873 г. С. О. Макаров посетил всемирную выставку в Вене, на которой в качестве экспоната был представлен разработанный им пластырь.
Шли годы; «Русалка» дважды перенесла капитальный ремонт (1878 и 1891 гг.) и с возрастом была переведена в учебно-артиллерийский отряд. В 1893 г. врач броненосца В. Т. Сверчков писал, что «Русалка» «течет сверху и снизу», а команда страдает от постоянной сырости, «помещение команды невозможно мало и отличается спертым душным воздухом». Свет проникал внутрь корпуса только через световые люки в палубе, закрывавшиеся даже при самом слабом волнении. Единственным источником воздуха и таким же путем эвакуации оставалась шахта метрового диаметра, выходившая на командирский мостик. Вообще, жаловались все, каждый по своей специальности. Командир В. Иениш – что в его каюте сырость, а на верхней палубе – вода; лейтенант И. Псиол – что при выстрелах в свежую погоду вода попадает в амбразуры орудий и зазоры меж башнями и палубой; лейтенант В. Стравинский отзывался, что «наша посудина такая дырявая»; мичман Х. Майдель – что вода застаивается под каютами офицеров; вода, проникая в машинное отделение через зазоры меж дымовой трубой и броневым корпусом, падая на раскаленные детали, давала такой пар, что «управление машиной могло совершаться только ощупью»; мичман А. Врангель подтвердил: «Я знаю, что вода была под каютами командира, старшего офицера и лейтенанта Стравинского. Оттуда выносили воду очень зловонную ведрами. Насколько я помню, выносили из каюты старшего офицера по 2 раза в неделю ведер по 10–12». Флотские «специалисты», впрочем, утверждали, что это – вполне естественное явление для кораблей, прослуживших определенный срок, и даже вычислили формулу, что при уровне накапливавшейся в трюме «Русалки» воды в 10,2 см имеемых водоотливных средств вполне достаточно для ее периодического удаления. На суде бесстрастно заявили, что «корпус погибшего броненосца, служивший 26 лет… находился в той степени исправности, какая представлялась достаточной для судна, несшего службу в артиллерийском отряде исключительно на Ревельском рейде, и имевшего возможность совершить свой переход к мест у назначения и обратно при самых лучших условиях погоды».
