Он выбрал пушкинскую «Сказку о рыбаке и рыбке», опять пригласил Симона, и балет, показанный в октябре 1903 года, оказался не слишком удачным – тут Горский повторил неудачу Сен-Леона. Он вернулся к классике и в 1904 году поставил в Москве «Баядерку» – переделав многие сцены и танцы, но оставив в неприкосновенности одно из величайших достижений Петипа, последнюю картину «Тени». Потом он успешно поставил «Волшебное зеркало» и взялся за старый балет Петипа «Дочь фараона». Тут он экспериментировал с хореографией – внес в танцы и движения «древнеегипетские» позы, позаимствованные с египетских барельефов. Новое рождение «Дочери фараона» заинтересовало петербургских танцовщиков – в Москву приехала Анна Павлова, чтобы участвовать в постановке своего учителя.
За пять лет балетмейстер, присланный в Москву, чтобы сделать балет более кассовым, полностью его преобразовал. Петербургский «придворный» балет переживал пору застоя, а московский был на подъеме. Петипа негодовал на московского «новатора и декадента», посмевшего перекроить его произведения.
Затем Горский увлекся модными течениями – импрессионизмом и символизмом. В самом конце 1907 года он поставил балет «Нур и Анитра», в котором были все приметы этих направлений – борьба духов добра и зла, идея губительности искусства, эротичность танцев. В конце 1908 года он даже создал импрессионистическую редакцию «Раймонды», которую впоследствии сам назвал ошибкой. И одновременно он продолжал работу над системой записи танца, но уже с привлечением новых средств – он одним из первых оценил значение фотокамеры для балетного искусства и, более того, фотографировал сам. Горский использовал фотофиксацию и как преподаватель: им было написано методическое пособие по танцу, проиллюстрированное авторскими фотографиями и, увы, не сохранившееся. Но он в 1907–1909 годы создал альбом «Хореографические фотоэтюды», ценность которого не только как документа эпохи, но и уникального художественного произведения, неоспорима и сегодня.
В 1909 году Горский приступил к работе над одной из лучших своих постановок – балетом «Саламбо» на тему одноименного романа Флобера. Это была настоящая удача – за все время своего существования спектакль не знал ни одного неполного сбора.
Новшества Горского привели к расколу внутри труппы Большого театра. Молодёжь горячо поддерживала хореографа. Ведущие артисты избегали участия в постановках Горского. Теляковский, в ту пору директор императорских театров, встал на сторону Горского, но сопротивления новациям балетмейстера продолжились и дальше.
Одной из самых знаменитых постановок Горского стал «Корсар». Спектакль, по мере возможности избавленный от условностей «старого балета», имел исключительный успех у публики и прошел после премьеры 15 января 1912 года 16 раз кряду при полных сборах. Восторженно были встречены декорации и костюмы Коровина. «Корсар» и «Саламбо» завершили искания, начатые Горским до 1905 года. Как и «Дочь Гудулы», это масштабные исторические драмы. Но «историческое направление» уступило место иному – в 1916 году Горский инсценировал три части Пятой симфонии Глазунова. По существу, это был первый опыт использования симфонической музыки в балете. Балет представлял собой танцевальную пастораль в античном вкусе.
Последний спектакль Горского до революции – новая версия «Баядерки». Горский сократил балет до 4-х картин (прежде их было 7). Тогда вошли в моду стилизированные восточные танцы, и он с радостью изменил хореографию первых картин, но не пожелал отказаться от шедевра Петипа – большого па «теней». Выход был найден неудачный – танцы остались прежними, костюмы танцовщицам выдали восточные. Весь эффект был разрушен. Смысл существования «теней» Петипа в их обобщенности, а с появлением национальных одежд поэзия улетучилась.
В канун революции Горскому исполнилось 46 лет. Он уже отпраздновал 25-летие творческой деятельности. В 1915 году Горскому было присвоено почетное звание заслуженного артиста. Он и после революции остался руководителем московского балета. Но в управление труппой включились люди разных вкусов и интересов, и между ними шла борьба за власть. Горскому стало еще сложнее проводить свою линию. Для одних он был слишком «левым»: разрушитель канонов, вводящий в балетные спектакли «незаконную» пластику. Для других он был слишком «правым»: как-никак, он представлял искусство, доставшееся нынешнему строю от прошлого, а молодежь стремилась к новому, небывалому. При обсуждении репертуара его предложения все чаще отвергались, его собственные работы, в особенности оригинальные одноактные балеты, постепенно исчезали с афиш.