Все это время он ведет довольно обширную научную переписку. Число его корреспондентов увеличивается, среди них появляются все новые и новые европейские ученые. Имя Лаксмана начинает приобретать известность.
Обогатив рядом открытий зоологию и ботанику, Лаксман неожиданно обращает внимание на надписи на высоких скалах по берегам Джиды, впадающей в Селенгу. Он беседует об этих надписях с монгольскими буддийскими ламами
Здесь же Лаксман собирал сведения, которые он позже поместил в работе "Описание мунгальского богослужения". Эта работа так и не увидела свет.
После смерти жены в Кяхте и похорон ее в Селенгинске Лаксман отправился в далекий путь к Аргунским рудникам.
К Байкалу он приехал поздней осенью 1766 года, и, так как ему надо было пересечь его, а в это время года такая переправа производилась только в исключительных случаях, путешественник был вынужден ожидать, пока озеро замерзнет. Вынужденную остановку Лаксман решил использовать для посещения горячих источников близ Усть-Турки.
Лаксман первым дал научное описание горячих минеральных источников в устье Турки, исследовал их химический состав, измерил температуру различных источников, а также нанес на карту их местонахождение.
Во время путешествия летом 1767 года Лаксман побывал и на Алтайских горах. Видимо, он был первым путешественником, приехавшим сюда с научной целью. Достигнув самой высокой вершины, естествоиспытатель произвел определение ее высоты барометрическим способом. Одновременно Лаксман продолжал сбор коллекций сибирских насекомых и их изучение.
Лаксман почти совершенно не уделял внимания своим прямым обязанностям пастора. Даже приходские книги им не велись. При отъезде из Сибири Лаксман заявил, что, по его мнению, оставляемый им приход так мал, что вообще не нуждается в пасторе.
В начале 1769 года Лаксман был уже в Москве. Он усиленно работал над разбором коллекций, писал статьи для Трудов Вольного экономического общества и Записок Стокгольмской Академии наук. В то время в разные районы России, в том числе и в те, в которых он только что побывал, отправились академические экспедиции. Лаксман хорошо понимал, что многие новинки, которыми он располагал, и некоторые его открытия могут при таких обстоятельствах очень скоро устареть. Видимо, это обстоятельство и придавало ему силы для напряженного литературного труда.
Однако кабинетный труд был так чужд Лаксману, что он вскоре не выдержал. Осенью 1769 года он отправился в поездку по Олонецкой губернии. Сочинение Лаксмана "Экономические ответы, касающиеся до хлебопашества в лежащих около реки Свири и южной части Олонца местах" подводило итог поездке и содержало ответ на вопросы, составленные Обществом для собирания сведений обо всех областях России. Эта сравнительно небольшая по объему статья поражает острой наблюдательностью, широкой осведомленностью и строго научным и точным подходом автора к сообщаемым сведениям.
В 1770 году Лаксман был приглашен директором Академии наук графом В. Г. Орловым принять участие в поездке в имения, принадлежащие Орловым и расположенные на берегах Волги. К весне план путешествия был расширен. Экспедиция направилась через Москву в Воронеж, а затем по Дону к Сарепте и Царицыну на Волге. Обратный путь пролегал через немецкие колонии около Саратова, Симбирска и опять через Москву в Петербург. Длилась эта экспедиция более четырех месяцев, и уезжавшие вернулись в сентябре 1770 года. Вероятно, одной из главных задач поездки могло быть обследование имений Орлова с целью повышения их доходности.
Еще весной 1771 года Лаксман задумал экспедицию в Молдавию и Бессарабию, освобожденные от турок русскими войсками. Но только в следующем году ему удалось осуществить свое намерение.
