Открытие Танганьики явилось в то же время первым знакомством европейцев с Западным рифтом, или Центральноафриканским грабеном - западной ветвью Восточноафриканской рифтовой системы. Любопытно, что Бёртон, вообще-то довольно далекий от геологии, высказал правильное предположение относительно происхождения озера.
Вопрос о стоке Танганьики остался неразрешенным; Бёртон не исключал возможности, что это озеро бессточное. Путешественники слышали также о расположенном к юго-востоку от Танганьики, между ней и Ньясой, еще одном озере - Руква; некоторые рассказы позволяли думать, что оно, по крайней мере, в дождливое время года, сообщается с Танганьикой (в действительности никакой связи между этими озерами нет).
На обратном пути, в Таборе, экспедиция задержалась из-за болезни Бёртона, который слег с очередным приступом малярии. Спику удалось убедить своего начальника отпустить его в самостоятельный маршрут: он отправился на поиски озера Ньянза, или Укереве, находящегося по рассказам арабов севернее Танганьики. Спик вышел к нему 30 июля 1858 года неподалеку от Мванзы. Местное название озера - Ньянза, то есть "большая вода", - было, в сущности, именем нарицательным, обозначающим всякий крупный водоем. Спик добавил к нему имя английской королевы. Так на карте появилось название Виктория-Ньянза (ныне просто Виктория).
Ожидавший Спика в Таборе Бёртон встретил его восторженный рассказ о новом открытии весьма прохладно. Гипотезу о связи Виктории-Ньянзы с Нилом он сразу же отверг и, как иронизировал потом Спик,
Отношения между Бёртоном и Спиком к тому времени вообще испортились. Этому способствовали, очевидно, их усталость и болезни, делавшие обоих англичан мнительными и раздражительными. Неудивительно, что и их географические разногласия были легко перенесены на личную почву.
На берег Индийского океана путешественники вернулись - большей частью прежней дорогой - 3 февраля 1859 года Спик прибыл в Англию раньше Бёртона и вскоре уже делал в Королевском Географическом обществе доклад, основное Место в котором уделил, конечно, открытию Виктории-Ньянзы. Доклад вызвал Шумную сенсацию, Спик стал героем дня, фигура же Бёртона отошла на задний план, по крайней мере, в глазах широкой публики. Ко всем ранее накопившимся у Бёртона претензиям к Спику, в большинстве своем не слишком обоснованным, прибавилась теперь довольно-таки справедливая обида на то, что его помощник умышленно "обошел" своего начальника: ведь Спик вполне мог подождать его, Бёртона, возвращения, так, чтобы они выступили с совместным сообщением о результатах экспедиции! Спик, впрочем, оправдывался тем, что не смел ослушаться Мёрчисона, настаивавшего на немедленной постановке его доклада (поскольку экспедиция была организована Королевским Географическим обществом, Мёрчисон выступал в данном случае как его прямое начальство).