Алексей Михайлович Козлов родился в 1934 году в селе Опарино Опаринского района Кировской области. С полутора лет жил в Вологде, воспитывался у бабушки с дедом, так как у отца с матерью помимо него было еще трое детей. Мать Алексея работала бухгалтером в колхозе. Отец являлся директором МТС.
В 1941 году отец Алексея добровольно ушел в армию. Во время Великой Отечественной войны он был комиссаром танкового батальона в 5-й гвардейской армии, участвовал в битве на Курской дуге.
В 1953 году Алексей окончил с серебряной медалью вологодскую среднюю школу и поступил в Московский государственный институт международных отношений. С первых дней учебы он поразил педагогов блестящим знанием немецкого языка, любовь к которому ему привил его школьный учитель. За институтские годы Алексей усовершенствовал немецкий язык «до родного» и освоил датский. На последнем курсе находился на языковой практике в Дании. В дальнейшем мог также свободно говорить на английском, французском и итальянском языках.
В 1959 году Козлову предложили работать во внешней разведке органов госбезопасности и стать разведчиком-нелегалом. После интенсивной подготовки он уже в конце 1962 года выехал на боевую работу за границу. Разведчику пришлось работать в ряде стран Западной Европы, Ближнего Востока и Африки. В первой половине 1970-х годов он начал работать по кризисным точкам: обосновавшись в одной из западноевропейских стран, выезжал для сбора информации в страны, с которыми СССР не имел дипломатических отношений или где возникали кризисные ситуации. Позже Алексей Михайлович отмечал, что за время нелегальной работы за рубежом ему довелось побывать в 86 странах на различных континентах. Неоднократно посещал он ЮАР, выполняя исключительно важные задания Центра.
В официальной справке, касающейся работы А. М. Козлова за рубежом и опубликованной писательницей Марией Арбатовой в книге «Испытание смертью, или Железный филателист», в частности, указывается: «Алексей Михайлович Козлов – советский разведчик, обнаруживший документальные подтверждения проведения ЮАР испытания собственной атомной бомбы в 1976 году совместно с Израилем и разработку обогащенного промышленного урана в оккупированной Намибии. Эти данные дали возможность СССР склонить США и ряд государств Западной Европы к усилению режима международных санкций против ЮАР. Результатом работы Алексея Козлова стало объявление эмбарго ЮАР всеми странами, что привело к смене правительства и отказу от ядерного оружия.
Благодаря работе Алексея Козлова, ЮАР стала первым государством, добровольно отказавшимся от ядерного оружия».
В 1980 году в результате предательства сотрудника советской внешней разведки Олега Гордиевского, уже тогда работавшего на западные спецслужбы, а в 1985 году сбежавшего в Лондон, Алексей Козлов был арестован в Йоханнесбурге. Ему сразу же сообщили, что он обвиняется в терроризме, а значит, не имеет права на адвоката, на связь с внешним миром и на получение любой информации.
Месяц Козлов провел во внутренней тюрьме контрразведки ЮАР в Претории, подвергаясь постоянным пыткам. Его пытали и днем, и ночью: били, не давали спать, каждый час выводя на проверку, оказывали мощное психологическое давление. В камере под потолком постоянно работал динамик, из которого доносились крики и стоны людей. Небольшого роста тщедушный следователь, важно восседавший за письменным столом на фоне огромного портрета Гитлера, прикрепленного к стене, в ходе ежедневных допросов требовал от разведчика «признаться во всем». Козлов стоял на своем: он немец и не понимает, в чем его обвиняют.
Затем последовали шесть месяцев пребывания в камере смертников в центральной тюрьме Претории. Каждую неделю по пятницам в пять утра в тюрьме проводились казни. Выводили на казнь и Козлова. «Обычно меня, вместе с двумя другими осужденными, ставили с петлями на шее над люками, – рассказывал автору Алексей Михайлович. – Неожиданно два люка опускались, и мои “соседи” падали вниз. А там находился тюремный врач, который делал повешенным контрольный укол в сердце. Я же стоял с веревкой на шее наверху и все это видел. Но и мой люк мог опуститься в любой момент. Затем меня отводили в камеру, а через некоторое время по коридору мимо моей двери, в которой зияла приличная дыра на месте оторванной заслонки смотрового глазка, проносили трупы казненных. И так повторялось несколько раз. Кормили в камере смертников так плохо и так мало, что еда по ночам снилась. Правда, как говорится, – с паршивой овцы хоть шерсти клок. Перед казнью осужденным выдавали приличный кусок курицы-гриль. Получал эту курицу перед предполагаемой казнью и я. Но апартеид – он и в тюрьме апартеид: чернокожему осужденному давали ровно половину порции белого. Все это время я был полностью изолирован от внешнего мира».