Но начиная с 1814 г. влияние Аракчеева стало неуклонно возрастать. На передний план во внутренней политике выдвинулись тогда охранительные задачи, и Александр искал человека, который мог бы железной рукой подавить освободительный порыв, охвативший русское общество после победы над Наполеоном. В августе 1818 г. Аракчеев был назначен руководителем канцелярии Комитета министров и сделался фактическим руководителем Государственного совета, Комитета министров и императорской канцелярии С каждым годом Александр все более охладевал к верховной власти и отдалялся отдел. Благодаря этому все более безграничным делалось могущество Аракчеева. К 1820 г. в его руках сосредоточились все нити управления страной, так что он стал вторым после императора лицом в государстве. С 1822 г. он был единственным докладчиком по большинству министерств и ведомств, даже по делам Святейшего Синода. Любой министр, генерал или губернатор, добиваясь аудиенции у государя, должен был прежде являться со своей просьбой к Аракчееву, а уже тот докладывал ее Александру. Ни одно существенное дело нельзя было решить без предварительного рассмотрения и одобрения его Аракчеевым. Приемная графа значила тогда больше, чем Сенат, Государственный совет и Комитет министров. Все назначения на высшие военные и государственные посты также проходили только через него.
В памяти потомства Аракчеев остался прежде всего как организатор и руководитель военных поселений. Именно здесь его таланты и пороки проявились наиболее ярко. Создание военных поселений было вызвано суровой необходимостью: после войны экономика разоренной страны оказалась в очень тяжелом положении. Бюджет верстался с большим дефицитом. Между тем военные расходы съедали почти половину всех бюджетных поступлений. Тогда у Александра родилась идея поселить часть войск по примеру казачьих полков вдоль западной границы и возложить на них помимо службы земледельческие работы. Такая система должна была значительно сократить государственные расходы на содержание армии. Разработка этого сложного вопроса была поручена Аракчееву. Уже в 1816 г. в Новгородской губернии в военное поселение была обращена целая волость. Тут же были расквартированы батальоны регулярного войска. Солдатам поручили заниматься землепашеством, а мужиков обрили, надели на них мундиры и заставили учиться строевой службе. В последующие годы сеть поселений расширялась. На Украине в поселяне были зачислены 36 батальонов пехоты и 249 эскадронов кавалерии.
На севере числилось 90 батальонов пехоты. Переход к новой организации проходил не без труда. В 1819 г. в Чугуєве среди военных поселенцев вспыхнул бунт, который Аракчееву пришлось усмирять с помощью жестокой порки.
В 1821 г. все военные поселяне были сведены в отдельный подчиненный Аракчееву корпус.
Благодаря энергии и практической хватке Аракчеева фантастический проект Александра был воплощен в жизнь. За десять лет в лесистой и болотистой Новгородской губернии появились ухоженные пахотные поля, пересекаемые ровными шоссе и обсаженные по сторонам подстриженными деревьями. Были воздвигнуты вытянутые в прямую линию длиной от двух до трех верст домасвязи для поселян, здания для штабов, школ, гаупвахт, дома для офицеров, новые церкви и плацы. Аракчеев лично следил за ходом строительства, вникал в каждую мелочь. Все постройки были выполнены основательно и даже с большим художественным вкусом. Однако все это достигалось ценой тяжкого изнурительного труда солдат военно-рабочих батальонов и самих военных поселян, которые с весны до поздней осени корчевали леса, рыли канавы в непроходимых новгородских болотах, проводили дороги, копали ямы, валили лес, подвозили строительные материалы и строили здания. Несмотря на хорошую и сытную пищу (Аракчеев тщательно следил за этим) многие не выдерживали суровой жизни. Смертность в одну десятую между работающими батальонами не считалась большой. Огромное внимание уделил Аракчеев органи зации жизни военных поселенцев. Их служба, быт и хозяйственная деятель ность были детальнейшим образом регламентированы" в определенное время хозяйка дома должна была вставать, топить печь, готовить пищу, выгонять скотину на пастбище, а мужчины — идти в поле, на строительные работы, на военные учения. Было подробно предписано, где какая вещь из домашней утвари должна располагаться. Подробно определялся порядок заключения браков, выкармливания младенцев и воспитания детей. За каждое упущение или невыполнение инструкции следовало наказание.