Впрочем, после начала войны Жуков возглавлял Генштаб всего несколько недель. В конце июля, когда застопорилось немецкое наступление на Москву, он, оценивая положение воюющих сторон, обратил внимание Сталина на ситуацию, сложившуюся на левом фланге советской армии, — все говорило о том, что немцы готовят сокрушительный удар на гомельском направлении целью выйти во фланг и тыл Юго-Западного фронта. В связи с этим Жукоі предлагал отвести войска фронта от Днепра на позиции по реке Псел, оставив Киев без боя. Но Сталин не хотел даже слышать об этом, и дело кончилось тем, что 29 июля Жуков был снят с должности начальника Генерального штаба. (Как известно, он оказался прав в своих предположениях — в сентябре восточное Киева немцы окружили три советские армии.) Жукову было поручено командовать Резервным фронтом, которому предстояло провести контрудар под Ельней. Этот город был захвачен 19 июля 1941 г. частями танковой дивизии СС «Рейх». Немцы быстро создали здесь хорошо укрепленный плацдарм, который впоследствии мог быть использован как трамплин для прыжка на Москву. Жуков располагал на этом направлении только 24-й армией генерала Ракутина. В августе она перешла в контрнаступление, имея задачу встречными ударами под основание ельнинского выступа окружить и уничтожить группировку противника. Однако немцы отбили все атаки советских войск. В конце августа Жуков провел перегруппировку частей 24-й армии, которая теперь располагала 10 дивизиями, и 30 августа вновь перешел в наступление. 5 сентября после ожесточенных боев немцы оставили Ельню и выровняли линию фронта. Поставленная цель — окружить всю группировку — не была достигнута, так как у Жукова было мало танков. Однако и без этого отрадные достижения под Ельней резко контрастировали с печальным положением на всех остальных фронтах.
Спустя несколько дней после ельнинской победы, 11 сентября, Сталин снял командующего Ленинградским фронтом Ворошилова и поставил на его место Жукова. 13 сентября Жуков уже прилетел в Ленинград. Приняв командование, он начал с того, что направил в войска приказ № 0046, в котором объявлял «командному, политическому и рядовому составу», что любой, оставивший без письменного приказа указанный ему для обороны рубеж, подлежит немедленному расстрелу. К сожалению, это было почти единственное, что он мог противопоставить мощи наступающего противника. По свидетельству тех, кто видел Жукова в эти сентябрьские и октябрьские дни, он был страшен. Фактически каждый приказ его заканчивался короткой фразой: «За невыполнение — расстрел». Он не знал жалости и неумолимо поднимал и поднимал измотанные беспрерывными боями войска и бросал их в контратаку на многократно превосходившего противника. Таким образом, ценой огромных жертв он сумел в конце концов замедлить немецкое наступление.
Внешние обстоятельства также благоприятствовали Жукову. 15 сентября немцы вплотную подошли к Ленинграду. Линия фронта проходила почти перед воротами Путиловского (Кировского) завода. Тяжелые KB, управляемые рабочими, прямо с конвейера отправлялись на передовые позиции. Казалось, немцы вот-вот войдут город. Но Гитлер 16 сентября снял с Ленинградского направления все ударные части и перекинул их под Москву. После этого фельдмаршал Лееб должен был ослабить натиск и вместо штурма перешел к осаде.
Оставив пока северное направление, Сталин срочно вернул Жукова на центральное, где в начале октября немцы начали новое наступление на Москву. В течение двух недель войска фельдмаршала фон Бока, успешно проведя сражения за Вязьму и Брянск, окружили и почти полностью уничтожили в двух огромных котлах семь советских армий. В плен попало около 650 тысяч солдат и офицеров. Были потеряны почти все имевшиеся на этом направлении танки (990 машин) и большая часть артиллерии (7600 стволов). Советское командование больше не располагало резервами для прикрытия столицы. Взбешенный Сталин 5 октября сместил командующего Западным фронтом Конева и командующего Резервным фронтом Буденного, назначив на их место Жукова.
