В апреле 1906 г. Столыпин неожиданно для всех был назначен министром внутренних дел. Сам он был вполне готов к этому выдвижению и вскоре продемонстрировал на новом посту свои блестящие способности. В это времяНиколай II и весь центральный аппарат власти находились в большой растерянности из-за множества нововведений, навязанных им революцией. Свобода слова, свобода печати, появление Государственной Думы — все это выбивало их из колеи. Министры боялись показываться в Думе, где депутатам ничего не стоило устроить обструкцию любому важному чиновнику. Столыпин выгодно отличался от других министров тем, что никогда не терялся в анархической и бурной стихии Думы. Не раз укрощавший многотысячные, вышедшие из повиновения крестьянские сходы, он и здесь оказался на высоте — без страха поднимался на трибуну, говорил твердо и корректно, хладнокровно парируя выпады. Император, которого давно раздражала беспомощность его министров, сразу отметил это. Под руководством Столыпина началось энергичное наступление на «гидру революции». В июле 1906 г. была распущена I Государственная Дума. Сразу вслед за тем Николай II отправил в отставку Председателя Совета министров Горемыкина и поставил на его место Столыпина, который сохранил за собой пост министра внутренних дел. Он действовал жестко и решительно: восстания, вспыхнувшие после роспуска Думы (в июле восстали Свеаборгская крепость и Кронштадт), были быстро подавлены, причем все зачинщики были расстреляны. Члены распущенной Думы, призывавшие к мятежам, были отданы под суд. В ответ эсеры вынесли Столыпину смертный приговор и начали за ним охоту. 12 августа они устроили мощный взрыв на его даче в Аптекарском переулке. В это время в приемной было много народа — погибло 24 человека, было много раненых, в том числе сын и дочь Столыпина. Сам он не пострадал, но окончательно избавился от тех проявлений гуманности, которые случались у него прежде. 19 августа в чрезвычайном порядке был принят закон о военно-полевых судах, рассмотрение дел в которых ограничивалось 48 часами, а приговор приводился в исполнение в 24 часа. В следующие восемь месяцев этими судами были приговорены к смертной казни 1100 человек (а всего за время премьерства Столыпина было казнено около 3 тысяч — для России, где полтора века смертная казнь была официально отменена, это была огромная цифра).
Однако в отличие от своих предшественников, Столыпин стремился не только подавить революцию при помощи репрессий, но и снять ее с повестки дня путем реформ. «Реформы во время революции необходимы, так как революцию породили в большей мере недостатки внутреннего уклада, — писал Столыпин в одной из своих записок. — Если заняться исключительно борьбой с революцией, то в лучшем случае устраним последствие, а не причину: залечим язву, но пораженная кровь породит новые изъязвления… Это было бы роковой ошибкою — там, где правительство побеждало революцию (Пруссия, Австрия), оно успевало не исключительно физической силою, а тем, что, опираясь на силу, само становилось во главе реформ».
Поскольку главный вопрос революции был земельный, усилия правительства должны были сосредоточиться первым делом на афарной реформе. Целью ее, по мысли Столыпина, должно было стать создание крепких хуторских (как бы мы сейчас сказали, фермерских) хозяйств. Их хозяева должны были сделаться главной опорой правящего режима в деревне. В общем это было верное направление, но Столыпин не мог не отдавать себе отчет в том, насколько далека российская действительность от намеченного им идеала. Сильно усложняло проблему и то, что в своих преобразованиях Столыпин не собирался касаться помещичьего землевладения. Хотя он и находил некоторое ограничение его полезным, вопрос об этом в его время даже не ставился.
Чтобы хотя бы отчасти приблизиться к своей цели, Столыпину предстояло разрешить для начала две задачи: разрушить общину, сделав крестьянскую землю предметом купли-продажи, и покончить с чересполосицей. В ноябре 1906 г. был опубликован указ, позволявший отдельным крестьянам выходить из общины. «Каждый хозяин, — говорилось в нем, — владеющий надельною землею на общинном праве, может во всякое время требовать укрепления за собою в личную собственность причитающейся ему части из означенной земли». В южных губерниях, где было достаточно много плодородной земли, этот указ фактически привел к быстрому развалу общины. Но в центральных и северных губерниях он лишь слегка затронул толщу общинного крестьянства.
Здесь из общины выходила в основном беднота, уходившая в город.
