Петр это чувствовал и гневался еще сильнее. В конце концов взаимная ненависть привела к тягостному концу. В феврале 1717 г. пришло известие о побеге царевича Алексея, и Петр дал указания о его розыске. В начале марта он получил известие, что Алексей находится в Тироле Потребовали его выдачи, но австрийский император тайно переслал Алексея в Неаполь Переговоры продолжались целый год. Наконец 31 января 1718 г. царевич приехал в Москву. 3 февраля Петр велел собраться в Кремлевском дворце духовенству и светским вельможам. Сюда же привезли Алексея без шпаги. Отец обратился к нему с суровыми выговорами; тот бросился перед ним на колени, признал себя во всем виноватым и со слезами просил помилования. Петр обещал ему милость при двух условиях: если откажется от наследства и откроет всех людей, которые присоветовали ему бегство. Царевич на все согласился и тут же написал повинную. Потом царь вышел с сыном в другую комнату, где царевич открыл ему своих сообщников. После этого все отправились в Успенский собор, и царевич перед Евангелием отрекся от престола. На следующий день 4 февраля царевичу были предложены письменные пункты о сообщниках Алексей выдал всех своих друзей. Они были схвачены, привезены в Москву и подверглись в Преображенском приказе жестоким пыткам. Розыск, как и следовало, завершился казнями. Главного советчика Алексея — Александра Кикина колесовали. 18 марта Петр вместе с Алексеем оставил Москву и 24-го прибыл в Петербург. Дело царевича казалось конченным, но 20 апреля прибыла из-за границы его любовница Евфросиния. Ее, беременную, засадили в Петропавловскую крепость и подвергли строгому допросу. Испуганная Евфросиния показала, что царевич часто радовался болезням своего отца и недвусмысленно желал его смерти, став царем, он надеялся все вернуть к старым порядкам. «Буду жить зиму в Москве, а летом в Ярославле, — говорил он — Петербург будет постылым городом; я кораблей держать не стану и войны ни с кем вести не буду; буду довольствоваться старыми владениями».
Когда царевичу предъявили показания Евфросинии, он стал отпираться.
Петр приехал к нему на мызу, велел отвести его в сарай и там стегать кнутом.
После этого царевич дал показания против себя. Но подозрительный Петр искал большего — он подозревал заговор. Царевича вновь подвергли пыткам, он признался, что готов был пристать к бунтовщикам, и оговорил множество государственных людей. 13 июня Петр приказал нарядить суд из духовных и светских лиц и объявил печатно, чтобы судьи вершили это дело «не похлебуя государю». «Не рассуждайте того, — писал Петр, — что тот суд надлежит вам учинить на сына вашего государя, но, не смотря на лицо, сделайте правду и не погубите душ своих и моей души, чтоб совести наши остались чисты в день страшного испытания и отечество наше безбедно». 14 июня царевич посажен был в Петропавловскую крепость, а 17-го потребован к допросу. Допросы, по обыкновению, сопровождались пытками. Алексей, как видно, оговорил себя по всем пунктам. 24-го был над ним суд, и все 120 членов суда подписали смертный приговор. 26 июня, уже после оглашения приговора, Петр приезжал в крепость и присутствовал на новых пытках сына. Неизвестно, каких еще показаний хотели от него добиться Через семь часов после отъезда отца царевич скончался. Царь отнесся к его кончине с подчеркнутым равнодушием. В тот же день Петр спускал 90-пушечный корабль и пировал с матросами. 27 июня были торжества по поводу очередной годовщины полтавской баталии. 29 пышно отмечались именины царя. Петр веселился и танцевал. В это время тело Алексея выставлено было в церкви Святой Троицы. 30 июня Алексея погребли в Петропавловском соборе рядом с гробом его покойной жены.
В том же году Петр приступил к учреждению коллегий. Дело это задумывалось царем давно, но сильно замедлилось из-за недостатка в сведущих образованных людях, которые могли бы поставить дело государственного правления по-новому, на европейский манер. Всех коллегий поначалу считали 9 Каждая из них должна была иметь строго определенный круг обязанностей.
Три считались «главными» или «государственными» (военная, морская, иностранных дел). Три ведали финансами (камер-коллегия ведала дох одами, штатсколлегия занималась расходами, ревизион-коллегия — контролем). Из остальных юстиц-коллегия должна была вести надзор за судами, коммерц-коллегия стала ведомством торговли, а берг- и мануфактур-коллегии должны были ведать горнозаводской и фабричной промышленностью.