Победу Цезарю обеспечили больший боевой опыт его легионов и ошибки противника. Обе армии, как обычно, выстроились в три линии, имея на одном фланге конницу, а на другом – легковооруженных лучников и пращников. Вначале конница Помпея потеснила конницу Цезаря, но затем попала под удар шести когорт, скрытых Цезарем за своим правым флангом. Поражение конницы решило участь армии Помпея. Конница и пехота Цезаря атаковали во фланг центр неприятельского войска и обратили его в бегство.
В плен попали 24 тыс. помпеянцев. Число убитых в армии Помпея можно оценить в 6 тыс. человек, а в армии Цезаря – в 1800 человек.
С остатками своих войск Помпей бежал. Солдаты Цезаря ворвались в его лагерь в Лариссе, где им сдались 13 тысяч спасшихся при Фарсале. Но Помпей успел с немногими сторонниками добраться до моря и сесть на корабль.
Египетский царь Птолемей XIII воевал в это время со своей сестрой и соправительницей Клеопатрой. Он с войском стоял у города Пелусия. Туда и направились несколько судов Помпея. Приближенные Птолемея убедили царя, что разгромленный римский полководец будет лишь ненужной обузой.
Как только Помпей сел в лодку, чтобы пристать к египетскому берегу, слуги египетского царя закололи его кинжалами. Через несколько дней в столицу Египта Александрию прибыл Цезарь, узнавший здесь о гибели соперника. Он имел в своем распоряжении 3200 легионеров и 800 всадников и попытался востребовать у египтян давний долг Риму в 10 миллионов денариев. Правительство Птолемея платить не собиралось, и Цезарь сделал ставку на Клеопатру.
20-тысячное войско Птолемея, которым командовал полководец Ахилла – один из убийц Помпея, осадило отряд Цезаря в Александрии, но он с успехом отбил все атаки. Через несколько месяцев на помощь Цезарю прибыл легион из бывших солдат Помпея.
А когда на помощь к осажденным в Александрии римлянам прибыл один из ближайших соратников Цезаря Митридат Пергамский с большим войском с востока, объединенной римской армии удалось завершить семимесячную кампанию разгромом египтян в двухдневном сражении в дельте Нила 26–27 марта 47 года. Птолемей пытался бежать, но корабль, на котором он плыл, затонул.
Результатом египетской экспедиции стало упрочение зависимости Египта от Рима и получение Цезарем новых средств на продолжение войны за счет выплаты египетского долга.
Пока Цезарь был в Египте, боспорский царь Фарнак II, сын Митридата Великого, напал на царя Малой Армении Дейотара, бывшего сторонника Помпея. Фарнаку удалось нанести поражение войскам Дейотара и цезарианского наместника Азии Домиция Кальвина и захватить Понт, часть Армении и Каппадокию. Цезарь счел эту угрозу серьезной и сам направился в Понт. С четырьмя легионами он разгромил превосходящую по численности, но хуже подготовленную армию царя Фарнака в битве при городе Зела 2 августа 47 года. Сражение было столь скоротечным, что Цезарь отразил его в донесении, ставшем афоризмом: «Пришел, увидел, победил».
Тем временем сторонники Помпея, во главе которых стал Марк Порций Катон Утический, укрепили свои позиции в Африке. В декабре 47 года Цезарь отправился туда. С ним были шесть легионов и две тысячи всадников. Но эти силы прибывали в несколько эшелонов, и в первое время Цезарь значительно уступал противнику в численности войска. В январе 46 года помпеянцы Лабиен и Петрий при поддержке нумидийской конницы царя Юбы нанесли поражение Цезарю недалеко от города Руспины, но не смогли развить успех и организовать преследование. 6 апреля 46 года Цезарь нанес поражение помпеянцам Петрию, Лабиену и Сципиону при Таспе. Утика, где гарнизоном командовал Катон, была осаждена. Не желая сдаваться врагу, этот «последний республиканец» покончил с собой, заколов себя мечом.
Затем Цезарю пришлось отправиться в Испанию. Два находившихся там легиона восстали, изгнали наместника провинции Испания Дальняя и провозгласили главнокомандующим Гнея Помпея-младшего. Сюда прибыли и все остальные уцелевшие помпеянцы с остатками африканских легионов. Вскоре восставшие смогли сформировать тринадцать легионов. В конце декабря 46 года Цезарь прибыл в лагерь своих сторонников в Испании.
Гней Помпей в это время безуспешно осаждал город Улию, сохранивший верность Цезарю. Цезарь двинулся к Кордубе, где гарнизон возглавлял Секст Помпей, и заставил Гнея снять осаду Улии. Сам же Цезарь 19 февраля 45 года взял штурмом город Аттегуа, где находились большие запасы продовольствия. 17 марта 45 года произошла битва при Мунде.
