В 1803 году из четырех премий, предназначенных для слушателей медицинского факультета, Лаэннек получил две: одну по медицине, другую по хирургии. Однако пора было заканчивать медицинский факультет. Но для этого нужны были средства. Не без труда получив их от отца, он блестяще защитил в 1804 году диссертацию на тему «Учение Гиппократа применительно к практической медицине». В ней он говорит, что видное место у Гиппократа занимает прогноз и большинство его сочинений заключают многочисленные указания прогностического характера. Отдавая дань «отцу медицины», он отмечает, что Гиппократ, предсказывая развитие болезни, основывался на точном знании симптомов заболевания, тем не менее нельзя пренебрегать и непосредственной диагностикой.
Гиппократ применял выслушивание при воспалении плевры, причем отмечал звук наподобие шума трения кожи; при выслушивании груди он выслушивал звук кипения уксуса, что означает «мелко-пузырчатые» хрипы при отеке легких. В одной истории болезни упоминается о шуме трения в области селезенки (периспленит). Опираясь на мнение Гиппократа о том, что «умение исследовать — наибольшая часть искусства врачевания», Лаэннек также указывает, что медицина должна основываться на тщательном наблюдении. «Необходимо найти более строгие способы наблюдения», — говорит Лаэннек и памятуя совет Гиппократа о том, что болезни нужно слушать ухом, изобретает в 1816 году для этой цели приспособление.
После смерти Лаэннека ходили слухи, что стетоскоп он создал по причине своей галантности. Когда его пригласили в один высокопоставленный дом осмотреть молодую графиню, то, так как она была страшно стеснительной, он решил послушать тоны ее сердца, не прикладывая непосредственно к груди ухо, а посредством скрученного в трубочку листа бумаги.
К этому же времени относится назначение Лаэннека врачом больницы Неккер. Там он сначала пользуется трубкой, скрученной из больничного журнала, а вскоре применяет свинчивающийся из двух частей деревянный прибор, названный им стетоскопом. Первая модель такого прибора хранится в музее Лаэннека в Нанте. На основании этого прибора он разработал и ввёл в 1819 году в медицинскую практику аускультацию — метод медицинского исследования внутренних органов (лёгких, сердца) у человека и животных выслушиванием звуковых явлений, возникающих при работе этих органов. После разработки и введения в практику этого метода он представил академии свой знаменитый труд «De l`auscultation mediate, ou Traite du diagnostic des maladies du poumon et du coeur, fonde principalement sur ce nouveau moyen d`exploration», 1819 («О прямой аускультации»). В этой работе он дал подробное описание признаков различных болезней, указав на соответствующие им анатомические изменения в органах и тканях.
С помощью своего примитивного стетоскопа Лаэннек установил ряд явлений, наблюдаемых при выслушивании, и дал им названия, многие из которых сохранились до настоящего времени: эгофония, звон металлический, шум (амфорический, дуновения, терпуга, пилы, раздувающихся мехов и т. д.), пуэрильное дыхание, саккадированное дыхание, трансонанс перкуторный, пекторилоквис, сужение грудной клетки. Кроме того, ему принадлежат следующие термины и описания соответствующих заболеваний: бронхит капиллярный, инфаркт геморрагический, катар удушающий, цирроз атрофический, ацефалоциста. Он впервые ввёл в медицинский оборот термины «цирроз», «туберкулёз» и т. д.
Доктор Лаэннек сделал множество докладов в различных обществах, опубликовал десятки статей, в том числе в медицинском словаре о френологической системе Галля. Он установил специфичность туберкулёзного процесса задолго до открытия возбудителя болезни и дал клиническое и патологоанатомическое описание туберкулёза, указав, что туберкулёзный процесс связан с образованием в организме бугорков.
В наши дни даже трудно представить, что широко используемый в медицине метод исследования внутренних органов, аускультация, которыми сегодня пользуется каждый врач-терапевт, мог долго не признаваться и не использоваться, поэтому что Французская медицинская академия не приняла предложение Лаэннека. Ему пришлось выдержать тяжелую борьбу и вести страстную полемику с его бывшим учителем Дюпюитреном и с беспощадным противником Бруссе. Как истинный бретонец Лаэннек отличался прямолинейностью и принципиальностью, а также независимостью характера, который проявился в особенности в указанные тяжелые моменты его жизни.
О незаурядности ума Лаэннека говорит стремительность, с которой он делал карьеру: с 1822 года он профессор College de France и с 1823 года — кафедры клинической медицины в больнице Шаритэ, член медицинской академии Франции и Парижского медицинского факультета (1825 г.)
Доктор Лаэннек страдал туберкулёзом с самого раннего детства. В конце жизни его угнетала зависть современников и, главным образом, непонимание значения его открытия. Странные на свете творятся дела. Лаэннек только доказал возможность излечения от туберкулёза, а сам умер от туберкулёза легких в бедности 13 августа 1826 года.
