По меньшей мере вздорными находил эти объяснения Земмельвейс. Он искал и не оставлял надежду найти и устранить причину, уносящую так много жизней ни в чем не повинных рожениц. Он подметил, что, чем больше времени проводят беременные в больнице, тем больше шансов на заболевание, и не только после родов, но и во время последних. Он намеревался доказать это на цифрах, представив специальные таблицы. По предложению Шкоды была организована особая комиссия, однако Клейн, заведующий кафедрой акушерства, настоял, чтобы ее распустили.
В конце 1846 — начале 1847 года Земмельвейс отправился в Дублин с научной целью, а затем поехал отдыхать в Венецию, отчасти чтобы несколько рассеять свое тяжелое настроение от пережитых впечатлений в клинике. В его отсутствие в Вене трагически погиб любимый профессор судебной медицины Колетчка. При вскрытии трупа он случайно поранил палец, после чего у него возник сепсис. Земмельвейс, так много думавший над причиной родильной горячки, быстро сообразил, что смерть Колетчки произошла по той же причине, по которой гибли роженицы. В кровь профессора попал трупный яд, который остался на ланцете. Земмельвейс предположил, что так же погибали роженицы: им вносилась инфекция в родовые пути. В Венской медицинской школе в те годы господствовало так называемое анатомическое направление: акушеры увлекались препарированием трупов. Земмельвейс также ежедневно работал в анатомическом театре, а затем отправлялся в акушерскую клинику и исследовал беременных.
После смерти друга Земмельвейс написал: «Один бог знает число тех, которые по моей вине оказались в гробу. Я так много занимался трупами, как редко кто из акушеров… Я хочу разбудить совесть тех, кто еще не понимает, откуда приходит смерть, и признать истину, которую узнал слишком поздно…»
Доктор Земмельвейс решил экспериментально подкрепить свои выводы. Вместе со своим другом доктором Lautner`om, ассистентом Карла Рокитанского, он произвел девять опытов на кроликах, вводя им в кровь секрет из матки заболевших рожениц, — кролики заболели.
Не откладывая, Земмельвейс предложил ввести в клинику антисептику, метод обеззараживания рук медицинского персонала хлорной водой. Земмельвейс называл убийцами тех акушеров, которые не признавали его метода дезинфекции рук. Результаты этого нововведения дали очень скоро о себе знать. Если до введения хлорированной воды, в апреле 1847 года, из 312 рожениц умерло 57 (18,26 %), в мае, когда метод апробировался, процент смертности снизился до 12, в следующие 7 месяцев — до 3 %, и, наконец, в 1848 году умерло всего 1,27 % (из 3556 чел. — 45 чел.).
Доктор Земмельвейс начал бороться за чистоту в больницах, но, как известно, многие великие истины поначалу считались кощунством. Коллеги откровенно смеялись над ним, когда он пытался перехитрить «больничную смерть» кусочком хлорной извести. Среди его противников были врачи с европейскими именами. Даже Вирхов выступил против Земмельвейса. В 1858 году, в докладе Берлинскому обществу акушеров, он высказал о родильной горячке такие соображения, за которые его осмеяли даже венгерские акушерки, — настолько высоко, в сравнении с Берлином, стояло тогда знание о родильной горячке в Венгрии.
Игнацу Земмельвейсу в 1850 году с большим нежеланием присвоили звание приват-доцента, при этом ограничив его права. Он мог лишь вести демонстрационные занятия на муляже. Новшества Земмельвейса казались его коллегам нелепым чудачеством, недостойным звания врача. И он поплатился за них изгнанием из родных стен Венской клиники. Он не перенес такого унижения и уехал в свой родной город Пешт, где вскоре занял место врача акушерского отделения больницы Св. Рохуса. В 1855 году Земмельвейс стал профессором акушерства в Пештском университете. Его угнетало отрицательное отношение многих ученых к его открытию, страдала не только научная истина, страдало его самолюбие.
Профессор Земмельвейс с 1858 по 1860 год опубликовал ряд статей о родильной горячке и в конце концов выпустил классический труд «Die Aethiologie der Begriff die Prophylaxis des Kindbettfiebers». Книга Земмельвейса сумела убедить немногих, целый ряд выдающихся специалистов остались противниками учения Земмельвейса. Некий молодой ассистент опубликовал работу о родильной горячке, в которой исказил точку зрения Земмельвейса. Это сочинение получило награду Вюрцбургского медицинского факультета.
В 1861–1862 годах Земмельвейс написал пять писем: четыре — знаменитым врачам и общее всем акушерам. В последнем письме автор угрожает, что обратится ко всему обществу с предупреждением об опасности, которая грозит каждой беременной от акушеров и акушерок, не моющих свои руки перед исследованием.
