Евангельские христиане развернули активную миссионерскую деятельность в столице, а также в других городах — в Москве, Нижнем Новгороде, Туле — и ряде центральных губерний. В 1876 г. ими было организовано «Общество поощрения духовно-нравственного чтения», которое занялось переводом и изданием религиозной литературы. Для распространения евангелизма среди рабочих в 1875–1886 гг. издавался журнал «Русский рабочий». Его издательницами были М. А. и А. И. Пейкер, дружившие с Н. С. Лесковым, который принимал живое участие в редактировании ряда номеров журнала и помещал там свои материалы.
И в Российской империи не обошлось без репрессий. В 1894 г. постановлением Кабинета министров баптизм был объявлен особо вредным течением в церковном и общественно-государственном отношении, собрания баптистов были запрещены. Их положение изменилось после Закона о веротерпимости 1905 г. и указа о регистрации старообрядческих и сектантских общин 1906 г. В 1909 г. возникло объединение общих баптистов — Союз евангельских христиан. (Частные баптисты объединились в Союз русских баптистов еще в 1884 г.)
Баптисты и евангельские христиане России не раз предпринимали попытки объединиться, однако они были неудачны. (В частности, вероятно, из-за нежелания делить влияние на российскую аристократию и буржуазию. Баптизм явно побеждал в Москве, в то время как евангельские христиане обосновались в северной столице.)
В годы советской власти обе группы подвергались жестоким преследованиям. А в 1945 г. Советская власть решила легализовать деятельность протестантов. Был образован Совет по делам религий и культов, а баптистам и евангельским христианам было предложено войти в подчиненный Совету Всесоюзный Союз евангельских христиан-баптистов (ВСХЕБ). Многие согласились пойти на этот шаг и таким образом оказались зарегистрированной в СССР религиозной организацией. В союз затащили ряд пятидесятников, а в 1963 г. сюда же вошла часть братских меннонитов. В Союзе победили взгляды общих баптистов на вопрос искупления Иисусом грехов человека.
Члены «прирученной» властью организации должны были пойти на определенные уступки в своей религиозной практике. Им запрещалась активная миссионерская деятельность (которая в баптизме является совершенно неотъемлемой частью культа), молиться следовало только в закрытых и небольших помещениях, запрещалось приглашать на собрания членов соседних общин и т. д. Зато руководители ВСХЕБ не раз выезжали за границу, общались там с братьями по вере, приглашали их к себе и создавали советскому государству необходимый имидж свободной страны.
В среде баптистов была довольно большая группа недовольных столь явным попранием основного принципа — независимости церкви от государства. Ряд «инициативников» (А. Ф. Прокофьев, Г. К. Крючков, Г. П. Винс) в 60-е годы начинает активно настаивать на созыве съезда ВСХЕБ, на котором, по их мнению, должны были присутствовать и незарегистрированные общины баптистов. Руководство же Союза должно было предоставить отчет о своей деятельности, ответить на вопросы единоверцев. Естественно, в таком формате съезд был невозможен. Инициативники были подвергнуты жестоким гонениям. В 1964 г. был образован Совет родственников узников евангельских христиан-баптистов.
Баптисты-раскольники организовали свой независимый Совет евангельских христиан-баптистов (СХЕБ), который координировал работу неофициальных баптистских организаций. Члены Совета основали типографию «Христианин», издававшую религиозную литературу на многих языках народов СССР. Печатались периодические издания «Братский листок», «Вестник истины». Особенно широко баптисты независимого Совета вели пропаганду в Восточной Сибири и на Дальнем Востоке.
Там же они часто оказывались и по другим причинам. Руководители и члены Совета и близких ему общин регулярно оказывались на скамье подсудимых. Их обвиняли в антисоветской пропаганде, нарушении общественного порядка (например, если в поселке шла баптистская свадьба во дворе дома), занятии незаконными промыслами (речь шла о печатании книг). Основным приговором были 3 года лагерей.
Гонения привели к тому, что среди баптистов-раскольни-ков было очень мало людей с высшим образованием. Поэтому значительная их часть занималась неквалифицированным трудом. Зато среди этих сектантов была очень развита юридическая грамотность.
Совет евангельских христиан-баптистов вышел из подполья в 1988 г. Через четыре года его «старший брат» — ВСЕХБ был преобразован в Евро-Азиатскую Федерацию Союзов церквей евангельских христиан-баптистов, которая с тех пор осуществляет координацию всех местных союзов ЕХБ в СНГ. В Союз ЕХБ в России входит 1200 общин, объединяющих около 100 тысяч членов. В период между съездами представителей церквей руководящим органом является Совет старших пресвитеров. Есть у баптистов свои учебные заведения: Московская богословская семинария, Московский заочный библейский институт, Библейские школы в Иркутске, Уфе, Красноярске и др.
