У канонизации, как водится в таких случаях, появились и противники. В современной России не всем по душе укрепление национального духа. Хулители канонизации утверждают, что якобы Церковь сговорилась со светскими властями и предоставила незаслуженный штандарт Военно – Морскому Флоту. Отлично ответил им, упоминаемый ранее, иеромонах Рождество-Богородичного Санаксарского монастыря отец Венедикт: «В жизни нашей нет ничего случайного. Искать во всём великого смысла призывают нас святые. Приходилось уже слышать такие речи, что вот, из каких-то, например, политических соображений церковное священноначалие, обсудив некоторые проблемы с государственной властью и Российским военно-морским флотом, решило прославить великого адмирала, известного к тому же своей благочестивой жизнью, – ну, чтоб поднять дух российского воинства, вручить как бы такой штандарт… Но в духовном смысле так не бывает. Через Святую Церковь угодника Божия прославляет Господь. А у Него – всё премудро, своевременно и абсолютно точно. И то, что в России, именно в нынешнем её трагическом состоянии, именно в 2001 году, после потопления «Курска» и перед потрясением 11 сентября и всеми дальнейшими событиями, указуя именно на Российские вооруженные силы, а в них – на военно-морской флот, и даже – скажу со всей серьезностью – не на кого иного из славных моряков, как именно на представителя высшего состава, флотоводца, командующего, истинного патриота своего Отечества, благочестивейшего христианина, совместившего, с Божией помощью, военный гений и политическую мудрость и ставшего отцом для своих подчиненных, – в том, что именно адмирала Фёдора Ушакова, архистратига Российской державы, прославил через Святую Церковь Господь, есть глубочайшая закономерность, и всем нам надлежит внимательно вглядеться и вдуматься в происшедшее, ибо бывает, к сожалению, что важнейшие смыслы общественного бытия, явленные, казалось бы, каждому, проходят мимо нас, как бы неузнанные».
Торжественное обретение икон продолжается. Так в июне 2012 года мощи святого праведного воина Фёдора Ушакова торжественно встретили в Тамбове (напомним, что в 1817 году Темников и Санаксарский монастырь находились на территории Тамбовской губернии). Ковчег с мощами было решено доставить в город водным путем. Во встрече ковчега с мощами принимали участие губернатор Тамбовской области Олег Бетин, глава администрации города Тамбова Александр Бобров, член Совета Федерации, попечитель Российского Афонского общества Николай Косарёв, епископ Тамбовский и Мичуринский Феодосий, капитан 1 ранга, командир подводной лодки «К-448» Михаил Иванисов, духовенство, ветераны Военно-морского флота, учащиеся Тамбовского кадетского корпуса имени Л.С. Дёмина, жители и гости города Тамбова.
Иконы с ликом святого праведного воина Феодора появились в храмах Москвы, Санкт-Петербурга, Архангельска, Владивостока, Мурманска, Таганрога, Новороссийска, Кубани, Украины, Болгарии, Греции, США, во многих российских флотских гарнизонах. Фёдора Ушакова считают небесным покровителем российского флота, дальней авиации, Мордовии, Тамбовской и Ярославской областей.
Кроме обретения икон и мощей, во многих городах и населённых пунктах построены или строятся храмы и часовни в честь святого праведного воина Феодора. Храмы и часовни его имени возведены или строятся в Саранске, Анапе, Астрахани, Калининграде, Кронштадте, Миассе, Новороссийске, славянской Черногории, Сочи, Владивостоке, Советской Гавани, в селе Безымянное вблизи Горячего Ключа Краснодарского края. В Севастополе, его городе, где он был командующим Черноморским флотом, заложен храм святого адмирала. В Николаеве, где он несколько лет находился в должности старшего члена Черноморского Адмиралтейского правления, мэр объявил, что в городе будет построена церковь святого праведного адмирала. Выделен участок под строительство храма в Москве в Южном Бутове – здесь формируется «ушаковский уголок» города. В августе 2006 года в открытии памятника адмиралу Ушакову в Саранске принял участие президент России В.В. Путин. В настоящее время это один из величественных памятников флотоводцу.