Церемония канонизации состояла из двух частей – светской и церковной. Светская часть предполагала проведение митинга с выступлениями представителей власти, ружейный салют и другие традиционные мероприятия. Церковные же мероприятия выполнялись в соответствии с устоявшимися церковными традициями. Очевидно, в этом проявляется характерная черта нашего нового времени.
4 августа, по совершению Всенощного бдения, Крестный ход из собора Рождества Богородицы направился к кладбищенскому храму монастыря, где была отслужена последняя лития «об упокоении воина Фёдора» (церковная традиция). Затем рака с останками праведного Феодора под звуки военно-морского оркестра была перенесена присутствовавшими на торжествах адмиралами к памятнику – стеле адмиралу Ушакову (началась светская часть церемонии). Их сопровождала огромная колонна паломников – и верующих, и неверующих. В колонне несли андреевские флаги (по количеству объединений ВМФ), которые после церемонии были вручены соответствующим командующим. Раку с останками установили на площади перед бюстом адмирала. Она также была накрыта андреевским флагом. К собравшимся обратились глава Республики Мордовия Н.И. Меркушкин, архиепископ Саранский и Мордовский Варсонофий, начальник Главного штаба Военно-Морского Флота адмирал В. А. Кравченко. Всё это происходило, по отзывам участников, в особо торжественной обстановке, у многих людей были слезы на лице. Несмотря на большое количество людей, не было беспорядка и столпотворения. Ощущалось единство всех от торжественности минуты. Завершилась светская часть церемонии исполнением гимна России и ружейным салютом.
Затем, по церковной традиции, рака с мощами была принята на руки Преосвященными Владыками, и Крестный ход двинулся от площади к монастырю. На соборной площади монастыря раку установили на специально подготовленной площадке перед оборудованным (установленным) накануне алтарем. Архиепископ Варсонофий огласил Деяние о канонизации праведного Фёдора Ушакова (1745–1817),
При пении величания святому митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл – один из самых деятельных руководителей в Русской Православной Церкви, будущий патриарх – благословил молящихся иконой праведного воина.
Многочисленные богомольцы до окончания богослужения прикладывались к святым мощам (они будут находиться в соборе Рождества Богородицы в раке, имеющий форму корабля). Рака находилась на площадке в течение всей ночи.
В воскресенье 5 августа митрополит Кирилл в сослужении Преосвященных архипастырей и многочисленного духовенства совершил на соборной площади Санаксарского монастыря Божественную литургию, по окончании которой состоялся Крестный ход со святыми мощами праведного Феодора вокруг монастыря. Во время церемонии митрополит Кирилл огласил Послание Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II по случаю прославления Святого Праведного Феодора, адмирала флота Российского.
В своем послании Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II писал: «Феодор Феодорович Ушаков, прославленный воинскими доблестями и не побежденный ни в одном сражении адмирал великого Российского флота, ныне ублажается Святой Церковью Христовой как муж праведный и благоверный, как один из примеров для подражания верующим, как угодник Божий. Мы прославляем Феодора Ушакова как местночтимого святого, однако значение этого события выходит далеко за рамки местного торжества Саранской епархии. Для всей нашей Церкви нынешний день – особый, он навсегда останется в истории церковной, в истории нашего Отечества. Мы знаем немало воинов, святость которых признана Церковью и имена которых горячо почитаемы благочестивым верующим народом. Таковы, например, святые благоверные князья Александр Невский, Димитрий Донской. Однако впервые за долгое время Церковь прославляет в лике благоверных воинов подвижника, жившего в сравнительно недавнем прошлом.
Учитывая, что одним из тех, кто содействовал канонизации Фёдора Фёдоровича Ушакова, был главнокомандующий ВМФ России адмирал флота В.И. Куроедов, митрополит Кирилл через заместителя командующего Северным флотом вице-адмирала В.Г. Доброскоченко передал В.И. Куроедову святую хоругвь с изображением праведного воина Феодора, как благословение Русской Православной Церкви Военно-Морскому Флоту России. В правой руке новопрославленного святого белел свиток со словами: «Не отчаивайтесь! Сии грозные бури обратятся к славе России».