Голый, закованный в железный ошейник, убийца Дария был поставлен возле дороги, по которой шло македонское войско. Александр подъехал к нему и гневно спросил, почему он убил своего царя, родственника и благодетеля? Бесс ответил, что он сделал это не один, а вместе с другими, находившимися тогда около Дария. Таким путем они хотели купить себе спасение у Александра. Но последний приказал подвергнуть Бесса бичеванию, а затем отослал его в Бактры, где впоследствии над ним состоялся суд македонского войска. Бесс был приговорен к смерти. У него отрезали нос и уши и затем отправили в Экбатаны. Там по персидскому обычаю его казнили четвертованием. Этим жестом Александр хотел приобрести симпатии персидской знати.
При переходе через Паропамис македонское войско потеряло много лошадей. Поэтому после поимки Бесса Александр прежде всего занялся комплектованием своего конского состава. Потом направился в Мараканды (теперь Самарканд), столицу Согдианы. В этой отдаленной области персидского государства Александру суждено было провести два года.
Хотя Бесс не представлял больше опасности для Александра, но продолжателями его планов явились Спитамен и другие представители туземной знати. Опираясь на бактрийцев и согдийцев, а также на пограничные племена саков и массагетов, они организовали отчаянное сопротивление пришельцам. Это была настоящая партизанская война, в которой македонские войска не раз терпели поражения.
Из Мараканды Александр прежде всего предпринял поход на север, к реке Яксарту (теперь Сыр-Дарья). Эту реку греки и македоняне называли Танаисом (Доном).
Здесь отразилась та же самая путаница, что и раньше с «Кавказом». Если Гиндукуш казался тогда продолжением Кавказского хребта, то естественно, что крайняя северная река Туранской низменности (Сыр-Дарья) была Доном. Поэтому и племена саков и массагетов греческие писатели той эпохи называют скифами, смешивая их с европейскими скифами.
Уже этот первый поход показал, с какими трудностями придется бороться здесь Александру. Македонский отряд, отправившийся на фуражировку, был истреблен, после чего около 30 000 «варваров» засели на крутой горе и оказали македонским войскам жестокое сопротивление. Несколько атак было ими отбито, причем македоняне понесли большие потери. Сам Александр получил легкую рану. В конце концов тора была взята и большинство ее защитников истреблено.
Но это было только начало. На Яксарте существовало несколько маленьких крепостей, давно построенных персами для защиты границы от кочевников. Александр оставил в них гарнизоны. Но едва македонская армия удалилась, как гарнизоны были вырезаны. Пришлось снова вернуться. На Яксарте Александр основал город, назвав его, как всегда, своим именем: Александрия на Танаисе (или Александрия Крайняя, — теперь Ходженд). Это была самая отдаленная точка новой монархии на северо-востоке. Переправившись через реку, Александр совершил короткий рейд в область саков.
Тем временем в тылу у него восстание охватило всю страну. Известную роль здесь играл не очень удачный проект Александра созвать представителей согдийской и бактрийской знати на торжественный съезд в Бактры. Пошли слухи, что этим съездом македонский царь хочет воспользоваться для того, чтобы истребить всю местную знать. Когда Александр находился на Яксарте, он получил известие, что Спитамен осадил его гарнизон в Маракандах. Александр послал на выручку отряд. Спитамен разыграл притворное отступление, а потом, внезапно появившись, нанес македонянам сокрушительное поражение на реке Политимете (теперь Заревшан). Александр должен был отправиться лично. Македоняне опустошили всю долину Заревшана, но Спитамен был неуловим.
Зиму 329/328 г. Александр провел в Бактрах, где и состоялся суд над Бессом, о чем мы говорили выше. Весной 328 г. македонские войска снова пошли в Согдиану, где продолжались волнения. Разделив свою армию на пять колонн, Александр стал систематически очищать страну от восставших. Но как только главные силы оставили Бактрию, там появился Спитамен с массагетами и осадил гарнизон в Бактрах. Начальник гарнизона Пейтон отбил осаждавших, но его отряд попал в засаду и сам он был взят в плен. На помощь явился македонский полководец Кратер с более крупными силами, и Спитамен снова был отогнан.
Вторую зиму Александр провел в городе Навтаках (теперь Карши). Неутомимый Спитамен снова появился в Бактрии. Разбитый в ожесточенном сражении, он бежал в степи и здесь нашел свой конец. Вожди массагетов решили купить ценой измены свое спасение: убив Спитамена, они отослали его голову Александру.