В 1947/48 уч. году Алексей Васильевич читал курсы по кристаллоолтике и росту кристаллов. Читал так же вдохновенно, как прежде, сопровождая лекции изумительными по красоте демонстрациями. Как волшебник он проводил какие-то манипуляции у проекционного микроскопа, объясняя на словах, что он делает, а студенты, затаив дыхание, ожидали, что же будет на этот раз. Картины конической рефракции, поляризации и интерференции света в кристаллических пластинках, явления роста кристаллов из раствора и расплава проектировались подчас прямо на потолок затемненной аудитории. Лекции по кристаллооптике сопровождались дополнительно практическими занятиями, которые вел Н. М, Меланхолии.
Начав активное сотрудничество с кафедрой кристаллографии и кристаллохимии геологического факультета МГУ, А. В. Шубников не мог на этом остановиться. Главным делом и смыслом его жизни было привнесение физического содержания в кристаллографию, которую он понимал как самостоятельную дисциплину в единстве ее геометрического, физического и физико-химического начал. Замышляя перевод Института кристаллографии в Отделение общей физики и астрономии АН СССР, Алексей Васильевич приступил к организации кафедры кристаллографии на физическом факультете Горьковского государственного университета. Его ближайшими соратниками в этом деле были Н. В. Белов и 3. Г. Пинскер. Сам Алексей Васильевич дважды (сентябрь 1947 г. и февраль 1948 г.) приезжал в Горький для чтения лекций по кристаллографии, которые были столь же увлекательны, как и на геологическом факультете МГУ. Кафедра в Горьком выросла в крупнейший вузовский центр по подготовке специалистов в области рентгеноструктурного анализа и роста кристаллов. Много выпускников этой кафедры работают в различных уголках нашей страны, и прежде всего в любимом детище Алексея Васильевича — Институте кристаллографии АН СССР.
Организовав в 1947 г. кафедру кристаллографии в Горьковском университете, А. В. Шубников не оставил мечты о создании кристаллофизической специализации и в своей Alma mater — на физическом факультете МГУ, где плодотворно трудились ученики Ю. В. Вульфа — профессора С. Т. Конобеевский, А. Б. Млодзеевский, Б. И. Ильин и был создан крупный вузовский центр в области физики твердого тела.
С переездом естественных факультетов МГУ на Ленинские горы мечта А. В. Шубникова осуществилась. Алексей Васильевич принял предложение ректора МГУ акад. И. Г. Петровского возглавить кафедру кристаллографии и кристаллофизики и 11 марта 1953 г. выступил на ученом совете физического факультета с изложением программы работы новой кафедры. Дав развернутые определения кристаллографии, кристаллофизики и физики кристаллов, А. В. Шубников охарактеризовал структуру новой кафедры. Он говорил, что физика кристаллов начинается с роста кристаллов. Необходимо научиться выращивать искусственные кристаллы и иметь в составе кафедры соответствующую лабораторию. Проектировалось создать также лаборатории кристаллооптики, электрических и механических свойств кристаллов. Такая структура определялась, с одной стороны, кругом научных интересов приглашаемых на кафедру ученых, с другой — стремлением не дублировать тематику других кафедр, но в конечном счете — потребностями подготовки соответствующих научных кадров. В заключение А. В. Шубников обратился к членам ученого совета с призывом к проведению совместных комплексных работ.
Уже 19 июня 1954 г. А. В. Шубников докладывал ученому совету о первых итогах работы кафедры, которая к тому времени располагала уже пятью комнатами и некоторым оборудованием. Ее штат состоял из 5 преподавателей и 6 научных сотрудников. Совет принял важное решение о расширении площади новой кафедры и утвердил договор о ее содружестве с Институтом кристаллографии АН СССР. Это был старт. За ним потянулись годы кропотливой и напряженной работы.
В 1954—1955 гг. А. В. Шубников прочитал последовательно для первого потока студентов четыре спецкурса — кристаллографию, образование и рост кристаллов, кристаллооптику и кристаллофизику. Лекции эти были для факультета событием. Они привлекали широкую аудиторию (до 100 человек) — студентов, аспирантов и сотрудников, причем не только физического, но и других факультетов МГУ, а также сотрудников академических и отраслевых институтов. Слушать лекции Алексея Васильевича было очень интересно, как смотреть любимый спектакль. Он никогда не повторялся, а находил даже для ранее читанного новый ракурс, новый язык, новые нюансы и краски.
