Даже несмотря на отсутствие главного свидетеля, прокуратура Соединенных Штатов смогла доказать, что убийство в театре Форда вовсе не было, как думали вначале, стихийной вспышкой, порожденной жаждой мести после капитуляции генерала Ли. Заговор существовал никак не меньше года и по первоначальному замыслу должен был вылиться в военную операцию, а не в изолированный террористический акт. Бут рассчитывал не на убийство президента, а на захват его живым. Затем он предполагал с помощью своей группы и других пособников южан доставить президента в расположение южных войск и передать правительству Конфедерации. Бут даже выезжал в Канаду и там обсуждал этот план с агентами конфедератов, в том числе — на последнем этапе переговоров — с Джекобом Томпсоном, личным эмиссаром Джефферсона Дэвиса и, по-видимому, самым видным представителем правительства Конфедерации в Канаде, которая на всем протяжении войны была главным центром интриг агентов Конфедерации и изменников из числа северян. Предложение Бута произвело столь большое впечатление на Томпсона, занимавшего пост министра внутренних дел в расположенном к южанам правительстве президента Бьюкенена — предшественника Линкольна, что Томпсон перевел крупную сумму на текущий счет Бута в банке Онтарио, в Канаде. Соответствующий чек, закрепивший эту финансовую операцию, был предъявлен судебным адвокатом Джоном Бингхемом военной комиссии, которая судила участников заговора. Заручившись официальным одобрением Джекоба Томпсона и ощутимыми доказательствами поддержки со стороны правительства конфедератов, Бут возвратился в Соединенные Штаты вербовать помощников для выполнения своего замысла. Мимо друзей Бута не прошел незамеченным тот факт, что никогда еще у него не было столько денег, как во второй половине 1864 года. Он объяснял это тем, что нажился на спекуляциях нефтяными акциями, однако на суде маклер Бута показал, что Бут не получил ни пенса из этого источника, напротив, спекулируя на бирже, он едва не разорился.
Когда армии южан были разгромлены и возникла опасность капитуляции, группа, организованная Бутом для похищения президента, пришла к выводу, что от этого плана следует отказаться. Найти возможность захвата Линкольна оказалось нелегким делом: его слишком хорошо охраняли. Теперь, казалось, уже чересчур поздно думать о похищении, и один из заговорщиков высказал эту точку зрения Буту в письме, написанном за 18 дней до убийства президента. Он посоветовал Буту, прежде чем предпринимать дальнейшие действия, «отправиться в Ричмонд и выяснить, как там относятся к его планам». Намеки, содержащиеся в этом письме, и другие свидетельские показания говорили о том, что Бут при посредстве агентов, засылавшихся в расположение северян для встречи с ним, осведомил столицу южан о своей деятельности. Так же очевидно, что он не только не был единственным инициатором заговора, но и являлся всего лишь подчиненным, выполнявшим приказы заговорщиков, которые стояли выше его; их авторитет был для него непререкаем вплоть до того момента, когда падение Конфедерации освободило Бута от всяких обязательств по отношению к его хозяевам. Если ставший завершением заговора террористический акт был осуществлен Бутом по собственному почину, что кажется наиболее вероятным, то ответственность за первоначальный план заговора падает на гораздо более высокопоставленных лиц и таких почетных и знатных людей, как Джекоб Томпсон, а тем самым — непосредственно на столицу Конфедерации и ее правителей.
Кажется ясным, что убийство Линкольна рассматривалось южными штатами как реальная цель — высшие руководители этих штатов распорядились тщательно изучить планы и, если они окажутся основательными, поощрить и поддержать заговорщиков денежной субсидией. Можно считать также установленным, что несколько групп, подобных группе Бута, действовали на Севере независимо друг от друга; если бы члены одной из них при попытке осуществить свой план были бы арестованы, то южные штаты, по-видимому, отреклись бы от них, как это бывает всегда при провале шпиона или саботажника.
Но как только убийца сам был убит, ни одно из этих обвинений не могло быть доказано с достаточной, не оставляющей места для сомнения убедительностью. Все нити между правительством мятежников и убийством Линкольна проходили через Бута — а Бута заставили замолчать навсегда.
Лица, представшие перед судом по обвинению в убийстве Линкольна, были всего лишь простыми исполнителями, а инициаторы заговора, за исключением самого Бута, ушли от возмездия.
Дэвис, впрочем, в конце концов был арестован.