Во время второго похода Тимура (1395–1396) Астрахань в числе других городов Тохтамыша была взята. Астрахань, как и Сарай, не была разрушена; для управления ею был назначен эмир Омар-и Табан. Последний «заметил проявление враждебности со стороны тамошнего старшины (
В «Книге побед» Шереф ад-Дина Иезди так описываются эти события: «Хаджи-Тархан лежит на берегу реки Итиля, и укрепления его проведены (начиная) от берега этой реки вплотную к воде так, что (обогнув город) опять доходят до реки. Таким образом, с одной стороны города место укрепления занимает река. Так как зимою там лед до того крепок, что поверхность воды становится такой же, как поверхность земли, то по берегу реки из кусков льда, вместо кирпича и глины, строят стену, которую ночью поливают водой до тех пор, пока все соединится в один кусок. Сделав таким образом высокую (стену), они одним куском льда соединяют стену города с этой стеной и ставят ворота». Вышедший навстречу Тимуру Мухаммед был схвачен и брошен в прорубь, где «сделался добычей рыб». Город был занят, на жителей наложена гигантская контрибуция, а после этого «все, что в нем было одушевленного и неодушевленного (имущества), подверглось грабежу», жителей выселили, а город сожгли [Тизенгаузен 1941: 184–185] (см. также [История Татарии 1937: 82]; обзор точек зрения на кампанию Тимура зимы 1395-96 г. см. [Vasary 2002: 287–291]).
В дастане об Аксак-Тимуре в «Дафтар-и Чингиз-наме» сказано, что Тимур будто бы пришел в Хаджи-Тархан и прожил там 5–6 лет [Ivanics, Usmanov 2002: 73].
По Е. Ю. Гончарову, после разгрома города там была выпущена монета — крупный медный пул 799 г. х. (1396-97 г.) и в этом же году— серебряные монеты с именем Тохтамыша [Гончаров 1997: 185]. Неясно, значит ли это, что город еще какое-то время сохранял свое значение.
Вместе с тем с 796 по 800 г. х. (1393-94-1397-98 гг.) денежная чеканка в улусе Джучи сильно сокращается. По сведениям Е. Ю. Гончарова, в Сарае ал-Джадид, Хаджи-Тархане и, вероятно, Орде небольшая партия серебра была выпущена от имени неизвестного хана, чье имя предположительно читается как Бек-Кибап. Но уже в 800 г. х. в этих городах правит Тимур-Кутлуг [Гончаров 2003: 95]. По сравнению с эпохой Тохтамыша значение Хаджи-Тархана в экономической жизни ханства существенно возросло.
Вскоре после взятия Тимуром Хаджи-Тархана он пришел в запустение и в XV в. уже существовал как относительно небольшой населенный пункт.
По утверждению В. М. Викторина, походом Тимура в 1395 г. было уничтожено «тюркское племя рыболовов на прибрежных островах Каспия т. н. „балыкчияне“ (…то есть рыбаки)» [Викторин 1995: 7]. Племя с таким названием едва ли вообще когда-либо существовало. Исследователь принял обозначение рода занятий жителей волжской дельты и северного побережья Каспия за название этнической группы. Можно указать, что слово
Однако не следует переоценивать масштаб разрушений города, произведенных войсками Тимура. Астрахань продолжала считаться одним из важнейших золотоордынских центров, причем зависимым от Орды в целом. Это следует из сообщения русских летописей: в частности, согласно Сокращенному летописному своду 1493 г., великий князь литовский Витовт в 1399 г. «подумаша думоу съдного с царем с Тахтамышем: „Пойдем на царя Темир-Коутлуя своим двором и с многими князьми безчислено, съ мною Литва, Ляхи, Немци, Жемоть, Волохи, Подоляне; яз тебя посажоу на царстве на всей Орде, на Сарай, на Блъгарех, и на Азторохани, и на Язове, и на Заяицкой Орде; а ты мене посади на московском великом княжении, на всей семинатцати тем[27], и на Новегороде Великом, и на Пскове, а Тверь и Рязань моя и есть, а Немци и сам возму“» [ПСРЛ 1962: 262–263][28]. Как видно из этих слов Витовта, Астрахань не выступает в качестве независимого владения Темир-Кутлуга, а, подобно Азову, Сараю, Булгару, является частью «всей Орды» и по-прежнему считается крупным городским центром. Я. Пеленски, наоборот, считал, что этот текст свидетельствует о достижении Булгаром, Астраханью, Азовом по меньшей мере полунезависимого статуса в процессе распада Орды [Pelenski 1974: 166–167].